Barrnap的安装及使用

Barrnap的安装及使用

Barrnap作为开源的rRNA预测软件，比较方便使用，但在安装的过程中遇到了一些问题，在这里记录一下。

conda安装

conda install -c bioconda -c conda-forge barrnap

一键式安装软件及辅助软件bedtools。
但是因为不是barrnap的软件包安装，所以没有测试等的文件。
此外不知道为什么这个命令安装下来的bedtools是2.26版本的，这样在运行提取预测的rRNA序列信息的时候就会报以下的错误：

[barrnap] Running: bedtools getfasta -s -name+ -fo '/home/bio/data/rRNA/rrna.fasta' -fi '/home/bio/data/IM1genome.fna' -bed '/tmp/R8SCHAtnlH'
*****ERROR: Unrecognized parameter: -name+ *****

因为barrnap需要bedtools的版本大于等于2.27，需要再重新安装。

git安装

git clone https://github.com/tseemann/barrnap.git
cd barrnap/bin
./barrnap --help

这样得到的是完整的barrnap文件包。

此时再额外安装bedtools，用最新版的conda安装命令：

conda install bioconda::bedtools

再输入 bedtools -version 检查版本信息。
此时我的显示是2.29.1版本。
如果还是显示2.26版本，那就进入conda的bin文件夹，把里面的bedtools文件删掉再重新安装。
此时再运行barrnap的命令：

barrnap/bin/barrnap -kingdom arc \
 -threads 4 \
 -outseq ~/bio/data/rRNA/rrna.fasta \
 ~/bio/data/genome.fna > ~/bio/data/rRNA/rrna.gff

这个时候就能得到预测的rRNA基因序列文件了。