在上一篇分享了按照刘老师的脚本方法将PICRUSt2预测得到结果注释到KEGG通路上,但后来发现网络上有其他小伙伴分享了PICRUSt2官方的注释命令。
我将两个命令得到的结果进行了对比,还是有差别。
咨询过刘老师后,刘老师建议还是以官方的为准。
现在更新一下PICRUSt2结果注释的官方命令:
#KO映射到pathway
pathway_pipeline.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv -o KEGG_pathways_out --no_regroup --map picrust2/default_files/pathway_mapfiles/KEGG_pathways_to_KO.tsv
#对pathway进行注释
add_descriptions