PICRUSt2结果注释：官方命令

在上一篇分享了按照刘老师的脚本方法将PICRUSt2预测得到结果注释到KEGG通路上，但后来发现网络上有其他小伙伴分享了PICRUSt2官方的注释命令。
我将两个命令得到的结果进行了对比，还是有差别。
咨询过刘老师后，刘老师建议还是以官方的为准。
现在更新一下PICRUSt2结果注释的官方命令：

#KO映射到pathway 
pathway_pipeline.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv -o KEGG_pathways_out --no_regroup --map picrust2/default_files/pathway_mapfiles/KEGG_pathways_to_KO.tsv

#对pathway进行注释
 add_descriptions.py -i KEGG_pathways_out/path_abun_unstrat.tsv.gz --custom_map_table picrust2/default_files/description_mapfiles/KEGG_pathways_info.tsv.gz -o  KEGG_pathways_out/path_abun_unstrat_descrip.tsv.gz

这样得到的是注释到KEGG通路层级的文件，然后我是根据KO号手动进行K1以及K2层级的分类。
如果有能力的小伙伴，可以再写个代码进行分类。

也有人推荐使用更新的metacyc路径，建议根据自己的需求选择。