linux系统conda安装
参考以下链接Linux虚拟机conda环境配置与基本操作:
安装配置步骤
step1:下载安装包
下载conda安装包
✳️mkdir conda //在新建文件夹conda下面进行如下操作
✳️安装包可以在官网选择合适的版本下载
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
step2:bash运行
bash命令运行
bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
step3:安装地址
阅读完软件声明之后需要输入安装地址,输入/home/bio/conda/anaconda3即可。
step4:确认初次激活
最后conda会询问是否做第一次激活,输入yes
step5:安装成功
Linux系统PICRUST2安装
参考以下链接:picrust2的安装
利用conda安装时会由于网络问题安装错误,所以使用源代码安装
下载源代码并解压
wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.2.tar.gz
tar xvzf v2.4.2.tar.gz
cd picrust2-2.4.2/
但是由于网络问题,wget不一定能够将文件下载下来,可直接进入该网址后手动下载上传,再进行后续步骤。
然后进行安装
conda env create -f picrust2-env.yaml
conda activate picrust2
pip install --editable .
配置环境时需要下载很多packages,网络不好时容易出错,此时可多尝试几次
最后进行测试
pytest
在进行测试时,一直出现报错,显示文件找不到····尚不知道问题在哪里。
准备更新虚拟机以后再次进行尝试。
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更新:原来的虚拟机为CentOS,将虚拟机改为Ubantu后,测试通过,如下图: