linux系统下conda +PICRUSt2安装

linux系统conda安装

参考以下链接Linux虚拟机conda环境配置与基本操作：
安装配置步骤
step1：下载安装包
下载conda安装包

✳️mkdir conda //在新建文件夹conda下面进行如下操作

✳️安装包可以在官网选择合适的版本下载

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

step2：bash运行
bash命令运行

bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

step3：安装地址
阅读完软件声明之后需要输入安装地址，输入/home/bio/conda/anaconda3即可。
step4：确认初次激活
最后conda会询问是否做第一次激活，输入yes
step5:安装成功

Linux系统PICRUST2安装

参考以下链接：picrust2的安装
利用conda安装时会由于网络问题安装错误，所以使用源代码安装

下载源代码并解压

wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.2.tar.gz
tar xvzf  v2.4.2.tar.gz
cd picrust2-2.4.2/

但是由于网络问题，wget不一定能够将文件下载下来，可直接进入该网址后手动下载上传，再进行后续步骤。

然后进行安装

conda env create -f  picrust2-env.yaml
conda activate picrust2
pip install --editable .

配置环境时需要下载很多packages，网络不好时容易出错，此时可多尝试几次

最后进行测试

pytest

在进行测试时，一直出现报错，显示文件找不到····尚不知道问题在哪里。
准备更新虚拟机以后再次进行尝试。

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更新：原来的虚拟机为CentOS，将虚拟机改为Ubantu后，测试通过，如下图：