linux系统下conda +PICRUSt2安装

已于 2022-06-12 17:45:42 修改
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文章标签： linux bash 运维
于 2022-06-12 11:04:56 首次发布
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linux系统conda安装

参考以下链接Linux虚拟机conda环境配置与基本操作：
安装配置步骤
step1：下载安装包
下载conda安装包

✳️mkdir conda //在新建文件夹conda下面进行如下操作

✳️安装包可以在官网选择合适的版本下载

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

step2：bash运行
bash命令运行

bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

step3：安装地址
阅读完软件声明之后需要输入安装地址，输入/home/bio/conda/anaconda3即可。
step4：确认初次激活
最后conda会询问是否做第一次激活，输入yes
step5:安装成功

Linux系统PICRUST2安装

参考以下链接：picrust2的安装
利用conda安装时会由于网络问题安装错误，所以使用源代码

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picrust2的安装
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在Ubuntu子系统中下载安装picrust2
PICRUSt2软件
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PICRUSt2 PICRUSt2(Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因和酶分类号，但可以预测任何一个任意的特性。同样，预测通常基于16S rRNA基因测序数据，但也可以使用其他标记基因. PICRUSt2相关使用方法来啦!!! 一、安装 #使用 bioconda 安装 PICRUSt2 环境
PICRUST2安装
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最近在学习扩增子分析，做到PICRUST2的时候安装总是有问题，最接近的一次是在conda的虚拟环境中安装，但是下载完所有包后“Executing transaction：”后面的小木棍一直动来动去，ctrl+c也结束不了。要么就是报各种错，连安装相关包那一步都没到。 最后采用了官方的源代码安装教程就成功了（https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Installation），就是比conda麻烦一点。 ...
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16S扩增子 功能预测的安装 一些操作，供给参考。 #一些学习资料 https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Installation https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-Tutorial-(v2.4.1)#picrust2-pipeline https://github.com/picrust/picrust2/wiki/q2-picrust2-Tutorial #插件版本https://li
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后面需要先安装mamba。安装源方式安装 参考于。创建环境、激活、测试。
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最近因为一些原因开始使用wsl，先在windows系统下安装Linux子系统，现在子系统中安装miniconda+pytorch（假设已经安装了wsl和图形界面，未安装图形界面可以在powershell中执行） 1.下载miniconda安装包 在windows...
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一个极其基础的torch安装：逐步更新中
aconda+python安装
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08-17 3880
下载安装包 wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.1.tar.gz tar -xzvf picrust2-2.4.1.tar.gz 阅读下安装说明 cat INSTALL.md 根据安装说明安装 conda env create -f picrust2-env.yaml 激活环境 conda activate picrust2 安装phython相关包 pip install --editable . 测试 pyt
conda （picard）
GeekFocus
05-18 1349
基础channel配置 conda config --add channels conda-forge conda config --add channels defaults conda config --add channels r conda config --add channels bioconda 报错：PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: r=4.0.0
PICRUSt2在微生物功能预测分析中的应用解读
Hangzhou_Guhe的博客
06-07 2279
微生物组学研究现已超越微生物群落组成分析得到更广泛的使用。大量的人类微生物组研究证据表明，肠道微生物组的功能变化对炎症和免疫反应的影响起到关键的影响作用。 16S rRNA分析是微生物组研究作为最常用便捷且具有成本效益的测量技术，用于分析微生物组的菌落组成，但标记基因测序无法直接提供群落功能组成的信息。于是开发了生物信息学工具，利用16S rRNA基因数据来预测微生物组功能。 其中，PICRUSt2已成为最流行的功能概况预测工具之一，可生成整个群落通路丰度。“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因
PICRUST2注释
qq_43340469的博客
06-13 489
PICRUST2结果文件注释
PICRUSt2：OTU或ASV等16S随便预测宏基因组且数据库增加10倍
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-14 8498
文章目录简介工作流程引用安装一条命令完成分析核心输出结果：额外输出文件：参数详解猜你喜欢写在后面 PICRUSt推出了近6年，引用2500余次。 现推出PICRUSt2 https://github.com/picrust/picrust2 具有以下三大优势： 任何OTU/ASV直接预测功能； 数据库扩大10倍； 一条命令完成全部分析。 简介 https://github.com/picrus...
Bioinformatics | 凯斯西储大学张亮亮组发布PICRUSt2预测功能的分析和可视化R包ggpicrust2...
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ggpicrust2: 用于PICRUSt2预测功能的分析和可视化R包ggpicrust2: an R package for PICRUSt2 predicted functional profile analysis and visualizationArticle，2023-08，[IF = 5.8]DOI：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bta...
PICRUSt2的用法
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08-15 3225
PICRUSt2的用法 前提是已经安装好Qiime和PICRUSt2。 1.激活qiime2 (这一步需要在ubuntu中进行，在Ubuntu中打开qiime2的命令) #进入qiime2环境 # 激活环境 source activate # 退出环境 conda deactivate conda activate qiime2-2020.2 qiime --help 2.进入PICRUSt2的路径 PICRUSt2就在home目录中，用cd命令进去就行。 3.然后把table
LINUX系统安装conda
03-22
在Linux系统上安装conda可以通过以下步骤进行： 1.先，你需要下载Miniconda或Anaconda的安装包。Miniconda是一个较小的版本，只包含conda和Python，而Anaconda则包含了更多的科学计算包。你可以根据自己的需求选择...
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