gdc数据集下载

最新推荐文章于 2024-07-17 20:48:25 发布
最新推荐文章于 2024-07-17 20:48:25 发布
阅读量368 收藏
点赞数
分类专栏： 机器学习 文章标签： python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43708690/article/details/125345084
版权

使用gdc-client下载TCGA数据
下载方式很简单，还记得上文中下载的Manifest文件吧，然后在windows下打开cmd，并在其中输入下载命令：

gdc-client download -m gdc_manifest.2018-07-02.txt
不会中投的吴彦祖
关注
专栏目录
【TCGA】批量下载WSIs(GDC Transfer Tool-UI)
派大欣的实验笔记
03-01 1996
TCGA官网链接：https://portal.gdc.cancer.gov/由于目前TCGA改版了，如果不太适应新版本界面的，可以点击红色部分，回到第一版。下滑找到 “Data Transfer Tool”并点击。进入"Data Transfer Tool"子页面后，下滑找到 “GDC Transfer Tool page”并点击。进入“GDC Transfer Tool page”子页面后，下滑找到对应系统的下载文件列表。
使用GDC在线查看TCGA数据
庐州月光的博客
06-10 1274
欢迎关注”生信修炼手册”!GDC是Genomic Data Commons的缩写，是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统，整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息，提...
使用GDC API查询与下载数据
zhangyingna667的博客
04-06 699
#以UUID为d853e541-f16a-4345-9f00-88e03c2dc0bc为例 #01使用GDC API查询数据 #教程网址：https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Search_and_Retrieval/ #1.1等效链接：https://api.gdc.cancer.gov/files/d853e541-f16a-4345-9f00...
从GDC下载数据集、svs无损转png
一个小男孩
04-07 3353
从GDC下载数据集参考： (8条消息) TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载_Mr番茄蛋的博客-CSDN博客_gdc-clienthttps://blog.csdn.net/qq_35203425/article/details/80882988?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=%E4%BB%8Egdc%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E4%B8%AD%E4%B8%8B%
GDC超5G数据下载
最新发布
qq_43777616的博客
07-17 554
GDC下载超过5G数据
使用gdc-client下载数据
zhangyingna667的博客
04-04 3685
01、下载与安装Data Transfer Tool 1.1 软件下载地址：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Transfer_Tool/Users_Guide/Getting_Started/#downloading-the-gdc-data-transfer-tool 1.2 得到压缩文件后减压，得到gdc-client.exe， 注意将gdc-client.e...
生信-使用gdc-client下载数据
lietobrain's blog
12-19 3360
正八经的官网： https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 注：windows、redhat、ubuntu、mac的都可以下载使用 windows用安装使用 windows用户，下载的是一个gdc-client.exe文件 1.存放exe与txt 例如，我随便找一个文件夹，文件夹地址是：E:\workspace\gdc，我把...
linux下TCGA数据下载,用GDC-client下载TCGA数据
weixin_39639174的博客
05-12 1196
1.进入TCGA官网image.png根据需求勾选左侧的各种分类，一般先选cases，再选filesimage.png勾选完成后点manifestimage.png下载临床信息不改变cases的选择，清空files，只勾选data category 中的clinical，和data format中的xml，同样下载manifest文件在后续用下载得到的miRNA表达数据结合临床信息进行生存分析的时...
TCGA-LUAD-mRNA表达数据——肺腺癌表达及临床数据集整理
04-10
TCGA-LUAD数据集已经整理成LCPM格式，临床数据已经汇总整理。 LCPM格式即log2(CPM+1)格式，现在认为log2(TPM+1)和log2(FPKM+1)格式比较过时了。部分生信文章审稿人推荐使用此格式分析数据
TCGA肿瘤数据集：DNA、RNA、mi-RNA样本信息下载指南
1. gdc_sample_sheet_rna.csv：该文件包含了与TCGA项目相关的RNA序列数据集样本的详细信息。每一行代表一个样本，可能包含样本ID、相关肿瘤类型、样本来源等关键信息。通过该文件，研究人员可以获取特定RNA样本的...
Lenze GDC软件
01-02
Lenze伺服控制器需要这个软件来进行编程（FBD块）和参数设定。本软件安装到PC机上，与伺服控制器进行通讯，操作。
gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip
09-28
gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip
gdc-client:GDC数据传输工具
05-15
GDC数据传输工具（gdc客户端） gdc客户端提供了超过GDC API的一些便利功能，该功能通过HTTPS提供常规的下载/上传。 构建gdc客户端 这个存储库的./bin目录中有一个名为package的bash脚本，它通过PyInstaller来构建gdc-client的单个可执行文件时，承担了大部分繁重的工作。 它将尝试根据uname猜测您的操作系统，并进行相应的构建。 在Windows上构建需要安装并使用其随附的git-shell。 这将提供在此存储库中运行bash脚本所需的足够的类Unix实用程序。 指示 # The script is currently location-dependant, so navigate to the bin directory. cd bin # Then just execute the package script. The result
X射线数据库
04-16
所有元素的X射线数据库，包括X射线能量，能级等等
GDC API下载肿瘤数据
qq_27390023的博客
10-14 958
注： 表达谱文件在单独的文件夹中，UUIDs号为文件夹名称，没有TCGA中样品编号，不是表达矩阵。
Win10使用gdc-client下载TCGA数据集【安装使用教程】成功解决闪退问题！
weixin_45640009的博客
07-13 4546
在Win10环境中下载并配置gdc-client工具，并以TCGA白血病转录组学数据为例，讲解下载过程
TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍
热门推荐
求知：数据科学家之路
10-14 1万+
昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。 R包的下载 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R") biocLi
tcga数据下载_TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理
weixin_39850167的博客
11-19 4137
关于TCGA数据库中的数据下载，我们之前有介绍过R语言下载包：R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据，同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载：TCGA数据库使用教程。在线下载以及官方下载工具下载的数据是分开的，每个样本的数据的独立的，需要自己合并，这需要会R，Python 或者 perl 等编程语言（文末补充内容介绍）。这里我们先介绍TCGAbiolinks...
新版TCGA数据库学习：批量下载新版TCGA数据
医学和生信笔记的博客
08-21 6449
众所周知，TCGA数据库改版了！！改的比之前更好用了！ 对于常规转录组数据，主要是以下几点改变： 下载一次即可获得counts、TPM、FPKM三种类型的表达矩阵，再也不用单独下载了自带gene symbol，不用自己找各种方法转换了自带基因类型，可以直接区分mRNA和lncRNA了 TCGAbiolinks不仅是数据下载，它能访问、下载全部的TCGA数据（除了受限制的），用它下载的数据是最新最全的！这和直接去GDC官网，使用网页下载的方式是一样的。 除了常规的转录组数据，还包括甲基化数据、SNP数据、突
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值