GWAS meta分析

一. 什么是GWAS meta analysis?为什么要这样做?

GWAS meta分析就是对许多个GWAS分析做一个整合,比如你已经做了一个关于身高的GWAS,而通过文献调研我们发现有很多针对身高的GWAS,那么我们想要对这些summary statistics做整合,对每个位点的效应做权重的调整,从而更加准确的去反映位点对身高的影响并提高统计效应。

GWAS meta分析的核心内容就是对每个SNP的权重进行调整:

Z = ∑ i = 1 m w i Z i ∑ i = 1 m w i 2 , w h e r e   w i = n i Z=\frac{\sum_{i=1}^{m}w_iZ_i}{\sqrt{\sum_{i=1}^{m}w_i^2}}, where\ w_i=\sqrt{n_i} Z=

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GWAS meta分析是一种将多个基因组关联研究结果进行综合分析的方法,以下是一个Python脚本的例子,用于进行GWAS meta分析: ```python import pandas as pd import numpy as np import statsmodels.api as sm # 读取所有研究的GWAS结果文件 study1 = pd.read_csv("study1.csv") study2 = pd.read_csv("study2.csv") study3 = pd.read_csv("study3.csv") # 将每个研究的p值进行变换,转化为z值 study1["z"] = np.sqrt(2) * sm.stats.proportion.proportions_ztest(study1["n_cases"], study1["n_total"], value=study1["OR"])[0] study2["z"] = np.sqrt(2) * sm.stats.proportion.proportions_ztest(study2["n_cases"], study2["n_total"], value=study2["OR"])[0] study3["z"] = np.sqrt(2) * sm.stats.proportion.proportions_ztest(study3["n_cases"], study3["n_total"], value=study3["OR"])[0] # 将每个研究的z值和样本量进行合并 meta_data = pd.concat([study1[["SNP", "z", "n_cases", "n_total"]], study2[["SNP", "z", "n_cases", "n_total"]], study3[["SNP", "z", "n_cases", "n_total"]]]) # 计算每个SNP的z值和加权样本量 meta_data["wz"] = meta_data["z"] * np.sqrt(meta_data["n_cases"] + meta_data["n_controls"]) meta_data["w"] = np.sqrt(meta_data["n_cases"] + meta_data["n_controls"]) # 计算meta分析的z值和p值 meta_z = meta_data["wz"].sum() / meta_data["w"].sum() meta_p = 2 * (1 - sm.stats.norm.cdf(abs(meta_z))) # 输出meta分析结果 print("Meta-analysis result:") print("z value: ", meta_z) print("p value: ", meta_p) ``` 这个脚本首先读取每个研究的GWAS结果文件,将每个研究的p值转化为z值,然后将每个研究的z值和样本量进行合并,计算每个SNP的加权z值和加权样本量,最后计算meta分析的z值和p值,输出结果。需要注意的是,不同研究的样本量、OR值等参数可能存在差异,需要根据具体情况进行调整。

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