点击鼠标即可完成GWAS meta分析，任何人都可以！

欢迎关注”生信修炼手册”!

MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站，通过该网站，只需上传指定格式的文件，然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析，网址如下

http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/

对应的数据格式图示如下

每个文件表示的是一个SNP位点在多个study中的研究结果，每一行为一个study。其中有6列是必须的，即case和control两组中不同基因型的频数，上图中SNP位点有3种基因型AA, AT, TT，表头的格式是固定，基因型+cases/controls, 其他列是自定义的。

用法简便，包含以下几步

1. 上传数据

通过Data input菜单上传数据，示例数据如下

上传完成后，可以在Your data菜单查看文件内容，确认没问题之后，点击Next就可以了。

2.  Hardy-Weinberg table

对于上传的数据，会进行哈温平衡的检验，结果如下所示

3.  Association values

对于原始的频数分布，先针对每个study的结果进行关联分析，然后对多个study的结果进行meta分析，在进行关联分析时，会有以下模型

1. Allele contrast (A vs. T)

2. Recessive model (AA vs. AT+TT)

3. Dominant model (AA+AT vs. TT)

4. Overdominant model (AT vs. AA+TT)

5. AA vs. TT

6. AA vs. AT

7. AT vs. TT

每种模型的结果都会给出，以第一种模型为例，结果如下所示

4. Forest plots

对于每个模型的meta分析结果，提供了如下所示的森林图

利用该网站，可以方便的对多个case/control关联分析的结果进行meta分析，当然该网站也有一定的限制，很多时候我们收集到的结果已经是pvalue值了，并不会有原始的频数分布，这个时候就无法使用该网站进行分析。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

往期精彩

• 自己动手进行逻辑回归，你也可以！

• odd ratio置信区间的计算，你学会了吗？

• 多元回归分析存在多重共线性了怎么办？

• 基因型与表型的交互作用如何分析，多元回归来搞定

• 曼哈顿图就够了吗?你还需要LocusZoom

• GWAS做完了，下一步做什么？
  

• 逻辑回归or线性回归，傻傻分不清楚

• 没想到你是这个样子的置信区间

• 线性回归的这些细节，你都搞明白了吗？

• 3分钟掌握曼哈顿图的绘制

• 一文搞懂Q-Q plot图的含义

• Cochran-Mantel-Haenszel检验在关联分析中的应用

• plink中case/control关联分析细节解析

• odd ratio值在关联分析中的含义

• Cochran-Armitage趋势检验在关联分析中的应用

  基因型填充

• GWAS中的genotype imputation简介
  

• 基因型填充中的phasing究竟是什么
  

• 基因型填充前的质控条件简介
  

• 使用shapeit进行单倍型分析
  

• gtool:操作genotype data的利器
  

• 使用IMPUTE2进行基因型填充
  

• 使用Beagle进行基因型填充
  

• 使用Minimac进行基因型填充
  

• 使用Eagle2进行单倍型分析
  

• X染色体的基因型填充
  

• 文献解读|不同基因型填充软件性能的比较
  

• Haplotype Reference Consortium:最大规模的单倍型数据库
  

• Michigan Imputation Server:基因型填充的在线工具
  

  CNV分析

• aCGH芯片简介
  

• aCGH芯片分析简介

• 基于SNP芯片进行CNV分析中的基本知识点