linux常用命令

1、文件与目录管理

1. ls
   列出目录内容
2. cd
   更改目录路径
3. pwd
   显示当前目录路径
4. mkdir
   创建目录
5. rmdir
   删除空目录
6. rm
   删除目录或文件
7. rm -rf
   删除非空目录
8. cp
   拷贝目录或文件
   cp -r
   递归，复制目录
9. mv
   移动目录或文件
10. cat
    查看文件内容、合并文件
11. less
    查看文件内容
12. echo
    显示内容

2、压缩打包

1. gunzip ~.gz
   将.gz文件解压为.tar
2. tar -jxvf ~.tar.bz2 -C ~/.
   将.tar.bz2文件解压，v：解压bz2包，x：解压，v：显示详细过程，f：表示文件,C:存放的目录
3. tar -zxvf ~.tar.gz -C ~/.
   将.tar.gz文件解压，z：解压gz包
4. tar -ztvf ~.tar.gz
   -t 不解压，查看
5. gzip
   将文件压缩成.gz文件
6. zip
   将文件压缩成.zip文件

3、其他

1. passwd
   修改用户密码
2. exit
   退出终端
3. su
   切换用户
4. id、whoami
   显示登录账户信息
5. chmod
   修改文件权限
6. man
   参考帮助信息
7. *、？、[]
   通配符
8. 》、>
   数据流重流向，输出导向
9. grep
   搜索文件中指定字符串的行
10. cut
    提取特定列
11. ln
    链接文件
12. &
    将任务放置后台运行
13. nohup
    脱机执行命令
14. sort
    排序
15. uniq
    去除重复行
16. diff、sdiff
    找两个文件差异
17. display
    显示图片文件
18. |
    管道
19. vi
    编辑器
20. ping 10.11.27.142(服务器的IP地址)
    查看服务器是否联网
21. scp /home/…/file_name tri01@172.30.2.2:/gss1/home/tri01/data
    将文件或文件夹从网络上的一个主机拷贝到另一个主机当中去
22. 不同的用户下进行传递文件 ~~~
    登录user1 将文件abc拷贝到/tmp/下
    cp abc /tmp/
    登录user2 将文件abc拷贝到想要的目录下
    su - user2
    cp /tmp/abc ~/
    返回到user1，将/tmp/下刚刚拷贝删除掉
    exit
    rm /tmp/abc
23. wget http://codeload.github.com/DaehwanKimLab/…/v1.0.4 -O centrifuge-1.0.4.tar.gz
    利用wget命令下载某安装包，-O，将该安装包修改成想要的名字
24. 将正在运行的前台程序放到后台运行
    ctrl + Z 暂停
    jobs 查看后台进程编号
    bg [1(作业编号)] 使用bg命令让作业在后台运行
25. find命令，在文件树中查找文件，并做出相应的处理
    语法：find [目录] [选择性参数] [必要参数]
    范例：

[tri01@login ~]# find ./00.mafft_pal2nal_iqtree/ -name cox1.fas
./00.mafft_pal2nal_iqtree/data/13_PCGs_raw_sequence/cox1.fas
./00.mafft_pal2nal_iqtree/codon/pal_codon/cox1.fas
./00.mafft_pal2nal_iqtree/codon/pal_fasta/cox1.fas

26. more命令
    语法：more [选择性参数] [必要参数]
    按屏幕大小输出指定文件的内容。more命令类似于cat命令，不过cat是将文件内容全部打印到屏幕上，more是按照屏幕打印一部分，按空格键是向下翻页，按b是向上翻页。
    范例：

[tri01@login data]# more Tchi_genome_analyses_commands_genome_assembley_20210723.sh