朋友们的生信作业

先看看他们的作业，这应该是最基本的生信查找内容，估计老师们之间用的都是一个内容

顺着做吧

•  找个蛋白

 该同学选择TFRC蛋白，直接在NCBI的Gene搜索，进去下拉，就能看到基因组和相应基因位置

 找一个这个基因的Genbank

 出现这个页面

 直接在Send to下载Coding Sequences，核酸和氨基酸的都下载以免后面要用，格式直接改后缀名就行

    

往下拉，本作业要的mRNA位置出现了，因为后面要500aa以上，选一个

•  蛋白分析

简化一下蛋白名称方便后面操作

 分析过程参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/325789632，我用的Expasy做的组成和疏水性，TMHMM跨膜区分析，结构域用NCBI的CD-Searchhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi，二级结构用PSIPRED，三级结构用SWISS-MODEL（三级结构分析教程https://zhuanlan.zhihu.com/p/148266792），这是比较好用的几个

文章直接在Pubmed或者百度学术查

• 序列比对和进化树

blast后选择需要的序列下载（可以直接把序列号放进去blast，这样能快速得到其他同基因序列）

 下载建树需要的得分最高的10种不同物种的序列，将序列文件拖进JalView，使用Mafft进行序列比对（进准度个人认为Mafft>Tcoffee>Clustal>Muscle）

 

 保存比对后的序列（任意可以被建树软件识别的格式）

 调整颜色后输出图片

 由于序列较少，进化树直接使用网页版的IQ-TREE（http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/，网站加载有点慢，耐心等一下），下图步骤设置好之后下拉填写邮箱然后submit job

 完成后选中项目，点击下载

 后缀.treefile是进化树文件

 进化树可视化可以选择ChiPlot或者iTOL: Interactive Tree Of Life (embl.de)

这里我用ChiPlot做一个，这个网站内置教程，可自行学习使用

这个网站可以在右边侧边栏美化进化树，也可以导入文件修改进化树

     

新建一个excel，使用重命名功能

在右边栏打开自展值

这样一个基本的进化树就做好了

这个作业上的内容就是这样了