最新科研技术:CADD分子对接、虚拟筛选等/AIDD模型构建和数据分析能力/蛋白晶体结构解析:分子克隆、蛋白表达纯化、蛋白结晶方法、软件安装,蛋白结构数据处理,得到高分辨率的蛋白晶体结构

“AI for Science”作为科研范式的重大改变,给生命科学机理探索和药物研发带来变革性的洞见和视角的同时,也带来更丰富的研究工具和研究方法。以计算生物、计算机辅助药物设计(CADD)、AI药物发现(AIDD)为代表的计算驱动手段相继在生物机理的探索、靶标发现和精准医疗、药物发现与设计等领域取得了显著的进步。AI4S与生物计算分论坛,聚焦探索AI与生命科学、药物研发的深度融合,报告嘉宾在蛋白质从头设计、CADD与AIDD中结构数据的有效利用、蛋白复合物结构预测模型的完全开源、AI赋能医药研发、新药设计的挑战与机遇等AI for Life Science前沿领域进行了分享。AI4S与生物计算分论坛,进一步加快AI4S在生命科学的扩散,加深生命科学领域的科学家、工程师对AI4S的理解和认知,催化AI4S与生命科学、生物计算的迅速融合。

蛋白质结构解析的传统方法与研究进展,以及新兴的互联网技术与计算机算法为蛋白质科学研究领域带来的影响与对未来展望。诸如此类的的基础研究对农业的发展是必不可少的,除此之外,通过多种生物信息学工具预测蛋白质之间的的相互作用,不仅可以为接下来作物抗病育种的研究带来理论支撑,也在一定程度上反应传统农业研究与互联网时代农业研究在各个分面的差别

一、科研背景

CADD计算机辅助药物设计

依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点,并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征,以计算机化学为基础,通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用,考察药物与靶点的结构互补、性质互补等,设计出合理的药物分子。它是设计和优化先导化合物的方法,CADD的应用,包括基于结构的药物设计(SBDD)、基于配体的药物设计(LBDD)、高通量虚拟筛选(HTVS)等技术,突破了传统的先导物发现模式,极大地促进了先导化合物发现和优化。特别是在食品、生物、化学、医药、植物、疾病方面应用广泛!靶点的发现与确证是现代新药研发的第一步,也是新药创制过程中的瓶颈之一。CADD的应用可以加快靶点发现的速度,提高靶点发现的准确度,从而推进新药研

AIDD人工智能药物发现与设计

是近年来非常火热的技术应用,且已经介入到新药设计到研发的大部分环节当中,为新药发现与开发带来了极大的助力。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展,运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。在新型冠状病毒的治疗方案中,通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染,为治疗新冠提供了新思路。倾向于机器对数据库信息的自我学习,可以对数据进行提取和学习,一定程度上避免了化合物设计过程中的试错路径,同时还会带来很多全新的结构,为药物发现打破常规的结构壁垒

蛋白质晶体结构解析

近年来结构生物学发展迅速并和其他学科相互渗透交叉,特别是受到结构基因组学等热点学科的极大带动。作为结构生物学的基本手段和技术,蛋白质晶体学从解析简单的蛋白质三维结构延伸到解决各类生物大分子及复合物结构,并更加注重研究结构与功能之间的相互关系,派生出诸如基于结构的药物设计等应用性很强的分支。生物技术及计算机技术的飞速发展,尤其是高通量技术在生物学领域的应用,为蛋白质晶体学带来了全新的概念和更加广阔的前景

二、学习目标

CADD计算机辅助药物设计:能够掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux安装、gromacs分子动力学全程实操、溶剂化分子动力学模拟

AIDD人工智能药物发现与设计:了解药物发现的前沿背景,学习人工智能领域的各类常见算法,熟悉工具包的安装与使用,掌握一定的算法编程能力,能够运用计算机方法研究药物相关问题。通过大量的案例讲解和实践操作,具备一定的AIDD模型构建和数据分析能力。

蛋白质晶体结构解析:了解蛋白质晶体结构解析的原理、方法与技术,学习分子克隆、蛋白表达纯化、蛋白结晶方法、软件安装,

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