宏基因组小结

概念

宏基因组(Metagenome):即环境中全部微小生物遗传物质的总和,包含了可培养的和未可培养的微生物的基因;

宏基因组学 :以特定环境下微生物群体基因组为研究对象,利用新一代高通量测序技术(NGS)研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等;

(直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析,可得到群落中各种微生物的分类 信息及所有微生物的基因信息,有助于对群落潜在的功能进行深入分析)

应用:***(重点)

分析技术

1、测序数据质量评估,去接头、低质量 Trimmomatic/fastp

2、拼接(MEGAHIT资源消耗少,时间消耗短,组装结果优,reads利用率

3、基因预测(MetaGeneMark, 对预测的结果进行过来处理,比如࿰

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基因组binning是一种用于对基因组数据进行分类和鉴定的方法。基因组数据是指从环境样品中获取的多个未知微生物基因组片段。这些基因组片段在后续的分析中通常需要被分类和归类,以获得有关微生物群落的更多信息。 基因组binning主要依赖于DNA序列的相似性,并通过比对和聚类的方式来组装和分类基因组片段。首先,它会使用组装算法将原始DNA序列拼接成长长度的连续序列,这被称为contig。然后,根据这些contig之间的相似性,将它们归类为不同的bins,每个bin代表一个可能的微生物基因组。常用的聚类方法包括k-means聚类和基于相似性网络的聚类。 在binning过程中,还会使用一些附加的信息来辅助分类,比如基于GC含量、覆盖度、共线性等特征进行筛选和分类。这些特征有助于识别和归类那些相似度较高的基因组,并进一步提高准确性。 基因组binning在环境微生物组学研究中扮演着重要的角色。它能够帮助我们了解到环境中存在的微生物多样性,发现新的微生物种类,并进一步研究它们在生态系统功能中的作用。此外,基因组binning还可以用于分析寄生菌、病原体等微生物组的基因组,并为其后续处理和研究提供数据支持。 总而言之,基因组binning是一种用于对基因组数据进行分类和鉴定的方法,通过比对和聚类等步骤对基因组片段进行组装和归类,为环境微生物组学研究提供了重要的工具。
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