概念
宏基因组(Metagenome):即环境中全部微小生物遗传物质的总和,包含了可培养的和未可培养的微生物的基因;
宏基因组学 :以特定环境下微生物群体基因组为研究对象,利用新一代高通量测序技术(NGS)研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等;
(直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析,可得到群落中各种微生物的分类 信息及所有微生物的基因信息,有助于对群落潜在的功能进行深入分析)
应用:***(重点)
分析技术
1、测序数据质量评估,去接头、低质量( Trimmomatic/fastp )
2、拼接(MEGAHIT,资源消耗少,时间消耗短,组装结果优,reads利用率高)
3、基因预测(MetaGeneMark, 对预测的结果进行过来处理,比如