picrust2的安装

在Ubuntu子系统中下载安装picrust2，需要先安装Miniconda3，具体教程可看我上一篇介绍用Ubuntu子系统下载安装Miniconda3（小白版）_cassy66的博客-CSDN博客。

采用的是官网的安装方法Installation · picrust/picrust2 Wiki · GitHub，大概需要20~30min。

用conda安装，最好在网络环境比较好时进行安装。

conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2=2.4.2 -y

然后激活

conda activate picrust2

用conda安装时可能会出现各种问题，如果输入命令后长时间处于加载状态，ctrl+c可以强行终止当前程序。

源代码安装：

下载源代码并解压

wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.2.tar.gz
tar xvzf  v2.4.2.tar.gz
cd picrust2-2.4.2/

然后进行安装

conda env create -f  picrust2-env.yaml
conda activate picrust2
pip install --editable .

最后进行测试

pytest

pip命令下载

sudo apt install python3-pip

pytest命令下载

sudo apt install python-pytest