在Ubuntu子系统中下载安装picrust2,需要先安装Miniconda3,具体教程可看我上一篇介绍用Ubuntu子系统下载安装Miniconda3(小白版)_cassy66的博客-CSDN博客。
采用的是官网的安装方法Installation · picrust/picrust2 Wiki · GitHub,大概需要20~30min。
用conda安装,最好在网络环境比较好时进行安装。
conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2=2.4.2 -y
然后激活
conda activate picrust2
用conda安装时可能会出现各种问题,如果输入命令后长时间处于加载状态,ctrl+c可以强行终止当前程序。
源代码安装:
下载源代码并解压
wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.2.tar.gz
tar xvzf v2.4.2.tar.gz
cd picrust2-2.4.2/
然后进行安装
conda env create -f picrust2-env.yaml
conda activate picrust2
pip install --editable .
最后进行测试
pytest
pip命令下载
sudo apt install python3-pip
pytest命令下载
sudo apt install python-pytest