NGS项目三：ChiP-seq数据分析workflow

最新推荐文章于 2024-06-19 18:13:56 发布
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分类专栏： Bio-Informatics
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本文链接：https://blog.csdn.net/saghir/article/details/46386565
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本文介绍了ChIP-seq技术的基本原理和应用，主要用于研究DNA结合蛋白、组蛋白修饰和核小体定位。核心数据分析流程包括读长定位，常用的工具为Bowtie2和BWA。针对Bowtie2，详细阐述了其使用方法和必需参数，同时提到了bwa的映射和输出对齐步骤。此外，还提及了MACS软件在识别ChIP-seq峰值中的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

概念：内涵：用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构[1,2]。

外延：

几种技术的特性比较

技术名称

主要区别

共同之处

Chip-seq 和Chip-chiq

测序和芯片，开放性

免疫沉淀

Chip-seq 和RNA-seq

结合蛋白，全RNA

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saghir
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专栏目录
ChIP-seq 数据分析
fengzhibifang的博客
09-11 3万+
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制（data_assess） 2.2.1 质量评估 2.2.2 清理 reads 2.3 比对到参考基因组（mapping_analysis） fastq→sam→bam（H3K9me3 在全基因组的分布位置） 2.4 搜峰（Peak_callin...
CHIP-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
11-10 7660
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转bam为bam文件建立索引载入IGV查看用MACS call peak安装MACS结果注释与可视化 CHIP-Seq数据分析流程 相关软件安装 所需要的软件有sratoolkit, fastqc,bowtie2,samtools,macs2,htseq-count,bedtools和前面RNA-seq数据分析
一键分析ChIP-seq数据
最新发布
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
06-19 836
ChIP-seq是一种结合位点分析法，用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合，在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。实验过程流程简介1. fastp：原始数据质控，将 Raw data 转换成 Clean data。2. bowtie2：将经过质控的 Clean data 比对到参考基因组上，得到比对文件（BAM格式）。3...
下一代测序中ChIP-seq数据的处理与分析
01-25
CHIP-seq，指的是结合位点分析法，作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
chip-seq测序分析流程
zengwanqin的博客
01-04 2427
在ChIP-Seq分析的最后阶段，结果的整合和可视化是非常重要的步骤。IGV更适合于个体样本的深入查看和分析，而UCSC Genome Browser则更适合于呈现和分享数据。通过这些工具，您可以有效地展示您的ChIP-Seq数据，并对其进行深入的分析。在ChIP-Seq分析中，峰值调用可以以两种主要方式进行：对每个样本单独进行峰值调用，或者在结合对照组数据的情况下进行峰值调用。请注意，这些示例代码是基于您已经有了MACS2等工具产生的峰值文件（通常是.bed或.narrowPeak格式）。
Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库
庐州月光的博客
04-19 3295
欢迎关注”生信修炼手册”!Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq,...
RNA-combine:RNA-seq数据综合数据分析工具箱
04-07
RNA组合主要包含三个模块：NGS批量RNA序列数据分析，scRNA序列数据分析，PacBio数据分析 用法 将代码下载到您的目录。 要在每个目录中使用功能模块，首先，需要在配置文件中编辑相关模块的参数，例如软件路径，原始...
MSPC：使用来自重复样本的综合证据评估ChIP-seq峰
02-27
ChIP-seq样品的分析输出许多富集区域，每个富集区域指示蛋白质与DNA的相互作用或特定的染色质修饰。 当读取的分布与背景显着不同且其对应的显着性度量（p值）低于用户定义的阈值时，将调用富集区域（通常称为“峰值...
chip_seq数据分析专题
庐州月光的博客
12-02 2957
欢迎关注”生信修炼手册”!chip-seq技术依托于高通量测序技术和生信分析的发展，可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用，目前常用于研究转录因子，各种组蛋白修饰在基因组上的结...
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
uqyuan0515的博客
09-04 9930
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
ChIP-Seq-pipeline:用于ChIP-Seq分析的管道
04-06
ChIP-Seq分析管道（ChAP） 介绍 该ChIP-Seq肛门分析管道（ChAP）将允许您对配对末端的ChIP-Seq NGS数据进行逐步分析。 它可以采用单端或双端NGS数据。 软件依赖项 安装 要下载存储库（在/ home中的任何位置）： git clone https://github.com/niekwit/ChIP-Seq-pipeline.git 除了Picard（可以将其安装在/ home中的任何位置）之外，所有依赖项都应包含在环境变量中。 align设置 HISAT2和bwa索引文件必须从fasta文件中手动构建。 它们的位置必须在align.sh文件中更改（适用于自动检测）。 可以在此处找到列入黑名单的区域，并且必须在align.sh文件中更改其位置（适用于自动检测）。 用法 用任何包含子文件夹raw-data名称创建一个主文件夹。 该子文件夹包含所有
ChIP-seq
Al_Liz_Well
07-05 1316
ChIP-seq
ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析
wx1871428的博客
07-08 3313
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制（data_assess） 2.3 比对到参考基因组（mapping_analysis） 2.4 搜峰（Peak_calling） MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释（Peak_anno） ChIPseek.
Chipseq数据库的建立
weixin_30578677的博客
05-24 577
这里以小鼠为例子下载相应的注释文件，基因组版本为mm10 下载refGene.txt.gz 网址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/refGene.txt.gz 下载gene_i...
ChIP-seq基础入门
weixin_33976072的博客
08-18 1927
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也...
chip-seq技术
weixin_30879169的博客
11-21 578
1.ChIP-seq简介 染色质免疫共沉淀技术（Chromatin-immunoprecipitation）也称结合位点分析法，被用于蛋白质与DNA的交互作用。该技术将染色质免疫沉淀与大规模并行DNA测序相结合起来鉴定与DNA相关蛋白结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点。 主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生藕联，以RNA结合蛋...
Chip-seq简介
庐州月光的博客
03-07 3050
欢迎关注”生信修炼手册”!染色质免疫共沉定技术，可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用，首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫...
R-loop数据分析之R-ChIP(数据预处理)
weixin_33725126的博客
09-18 286
文件重命名 我们需要对下载的SRRXXXXX文件进行重命名，毕竟有意义的命名才能方便后续展示。那么，应该如何做呢？ 首先，你需要将GSE97072页面的中Samples这部分的内容复制到一个文本文件中（我将其命名为sample_name.txt)，分为两列，第一列是GSM编号，第二列是样本的命名。 ...
RNA-seq数据分析：生信实战指南
"《二代测序手册》是一本专门针对生物信息学分析的实用指南，尤其专注于RNA-seq数据的分析。这本书属于Chapman & Hall/CRC的数学与计算生物学系列，旨在综合介绍数学、统计和计算方法在生物学及医学中的应用。书中...
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