叶绿体基因组核酸多态性(Pi)分析

已于 2025-02-28 16:37:30 修改
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分类专栏： 叶绿体基因组分析 文章标签： python
于 2022-11-22 22:42:55 首次发布
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叶绿体基因组Pi分析（Nucleotide diversity）

B站链接

目前Pi分析已集成之CPStools软件中，可一键进行计算

手把手注释教学

在这里插入图片描述

今天主要分享绘制这一张图需要做的工作。

1. 准备正确注释的gb文件（自己注释以及NCBI上下载的想比较分析的物种gb文件）
2. 从注释文件中提取共有基因和共有间区序列
3. 使用DNAsp计算其Pi值（Nucleotide diversity）
4. 按照基因和间区序列在叶绿体基因组上的位置进行排序
5. 可视化

写在末尾
提取间区序列，一直使用的是PGA里面带的一个脚本，但是最近感觉脚本不能很好的考虑首尾的基因，看不懂perl语言，因此用Python自己写了一个。 绘制这样一张图还是比较费劲的，结合来看差不多用到了9个脚本。然后再使用R进行可视化，PS修图。
如果有需要，可以加Q联系：753392597

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