Amber&prepgen | 准备”氨基酸”式的残基库文件

最新推荐文章于 2023-02-01 15:25:39 发布
最新推荐文章于 2023-02-01 15:25:39 发布
阅读量333 收藏
点赞数
分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗 文章标签： 健康医疗
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/128040928
版权
本文介绍了如何使用prepgen工具，它作为antechamber的一部分，生成Amber准备文件。prepgen能自动生成主链，并允许指定主链原子、删除原子以及电荷校正。通过主链文件，可以构建类氨基酸残基，其包含头和尾原子以连接其他残基。主链文件中的信息如原子列表、删除原子和电荷设置对于构建正确电荷分布的蛋白质结构至关重要。
摘要由CSDN通过智能技术生成

用作生成 Amber 准备文件，是antechamber的一部分。

Prepgen 从 ac 文件生成准备输入文件。 默认情况下，程序会自行生成一个主链。但是，您也可以在主链文件中指定主链原子。 从这个文件中，您还可以指定将删除哪些原子，以及是否进行电荷校正。 为了生成类氨基酸残基（这种残基有一个头原子和一个尾原子连接到其他残基），你需要一个主链文件。 示例主链文件位于 $AMBERHOME/dat/antechamber 中。

prepgen -i input file name(ac)
		-o output file name
		-f output file format (</
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
ASKCOS
关注
专栏目录
订阅专栏
Amber&antechamber | 创建小分子力场参数文件
ASKCOS博客
10-26 771
这是包中最重要的程序。它可以执行许多文件转换，也可以分配原子电荷和原子类型。根据输入的要求，前厅执行以下程序：sqm（或者，mopac或divcon），atomtype，am1bcc，bondtype，espgen，respgen和prepgen。它通常会生成许多中间文件；这些可以通过他们的名字来识别，其中所有字母都是大写字母。如果您在运行前厅时遇到问题，可能需要运行下面描述的各个程序（以使用选项’-s 2’促进此运行）。创建小分子力场参数文件。
Amber&pdb4amber | 准备PDB文件
ASKCOS博客
10-26 552
PDB文件中唯一需要或有用的数据来设置AMBER模拟是：原子名称，残基名称，也许还有链标识符（如果存在多条链），以及重原子的坐标。除非加载额外的文库，否则非蛋白质结构（特别是低分子量配体）会引起问题；如果它们在PDB文件中的名称对应于AMBER库中的内部名称，则通常会识别水和单原子离子。–dry选项移除结构中的结晶水和–reduce选项在最理想的位置添加氢原子.为tleap程序调整从外部获得的PDB文件。
amber中非标准氨基酸残基的参数生成
李思琪的博客
12-23 7131
amber中非标准氨基酸残基的参数生成
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
MurphyStar的博客
10-08 5224
基于Amber和Gromacs的“小分子-蛋白质”分子模拟
分子模拟软件amber_使用Amber创建小分子与蛋白质复合蛋白的坐标和拓扑文件
weixin_39551993的博客
12-14 3599
复合蛋白amber坐标和拓扑文件的创建作者：朱宁 来源：大科研小分享前言分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是一门结合物理，数学和化学的综合技术。目前主流分子动力学软件有NAMD、GROMACS、AMBER等。AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工...
java中byte为何范围是-128~127
jian8182的博客
12-01 313
转自：https://blog.csdn.net/u012959008/article/details/72812658?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.control .
amber教程5.3：带非标准残基的绿色荧光蛋白的MD
基博的博客
08-21 1621
amber教程5.3，主要内容是讲解amber软件入额处理蛋白质内部的非标准残基，进行隐式溶剂模型的分子模拟。
Amber&parmchk2 | 查找缺失的力场参数
ASKCOS博客
10-25 756
通过计算gaff中两组力场参数的平均绝对误差百分比，生成一对特定力场参数类型的原子类型（‘A/B’）的相似性指数。每个原子类型对（‘A/B’）对于九种不同类型的力场参数具有九个相似性指标，分别是键平衡长度，键拉伸力常数，键平衡角（'A’和’B’是中心原子），键角弯曲力常数（'A’和’B’是中心原子），键平衡角（'A’和’B’是非中心原子），键角弯曲力常数（'A’和’B’是非中心原子），扭转角扭转力常数（'A’和’B’是内侧原子），扭转角扭转力常数（'A’和’B’是外侧原子），二面角不正确。
Perl子函数调用——求氨基酸残基两两之间的距离
emmm520的博客
07-21 1246
求氨基酸残基两两之间的距离 实现功能：通过调用子函数，求氨基酸残基两两之间的距离，并通过调用子函数，print出距离最远的一对氨基酸残基。 __DATA__ ATOM 4542 CA LYS D 130 27.728 42.781 107.352 1.00 53.17 C ATOM 4551 CA VAL D 131 28.783 40.337 11...
Python库 | cami-amber-2.0.1.tar.gz
03-01
《Python库cami-amber-2.0.1：深入解析与应用》 在Python的世界里，库是开发者的重要工具，它们提供了丰富的功能，简化了编程工作。本文将聚焦于"cami-amber-2.0.1.tar.gz"这个Python库，探讨其功能、用途以及如何...
InChI&InChi-Key | 国际化合物标识
ASKCOS博客
03-14 4403
InChI国际化合物标识是（国际化合物标识）International Chemical Identifier的缩写（第一个单词的前2字母+第二个单词前2字母+第三单词首字母），InCHI编码是国际纯粹与应用化学联合会International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) 给出的每种化合物化学结构的唯一识别码。 InChI编码是一串由斜杠（/）隔开的有层级关系的数字组成的。每个InChI编码都是由InChI版本号开始，接着一个主层号。主层下包括含化
AI&化学 | 逆合成分析软件Synbook
ASKCOS博客
05-15 3848
Synbook是一款免费的通过AI进行化学合成的软件，他可以进行多条路线设计，拥有反应条件查看等功能，还可以对当前路径进行修改，通过邮箱注册后使用。点击进入网站 登录界面 目标分子路线 查看反应条件 redo修改当前路径 ............
rdkit&python | 基于类药性规则对分子进行筛选
ASKCOS博客
12-30 3006
定量评估类药性 Lipinski五规则 def durglike_filter(mol): mw = Descriptors.MolWt(mol) logp = Descriptors.MolLogP(mol) hbd = rdMolDescriptors.CalcNumLipinskiHBD(mol) hba = rdMolDescriptors.CalcNumLipinskiHBA(mol) rb = Descriptors.NumRotatableBonds(m
rdkit&python | 修正化合物中原子价态错误
ASKCOS博客
08-21 2632
错误smiles价态纠正 mol = Chem.MolFromSmiles('C[CH2+]1(C#N)CC1') RDKit ERROR: [08:03:09] Explicit valence for atom # 1 C, 5, is greater than permitted BOND_TYPE = [0, Chem.rdchem.BondType.SINGLE, Chem.rdchem.BondType.DOUBLE, Chem.
安装Amber22
最新发布
ASKCOS博客
02-01 2456
【代码】安装Amber22。
rdkit&python | 超全化合物分子清理方法
ASKCOS博客
07-13 2371
分子结构处理 Molecular Sanitization 默认情况下，RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理（Molecular Sanitization）。 结构处理的过程中会自动计算一些有用信息，如杂化、环信息等，保证分子的结构在化学上是合理的：价键合理。 Sanitization的检查过程，包含11步。 clearComputedProps: 清除已有的分子、原子、键的计算性质，如 This step is always performed. cleanUp: 对非标准价键进行标准化处理，
rdkit&nlp | smiles数据扩增与smiles标准化
ASKCOS博客
10-05 2140
from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole smi = 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O' mol = Chem.MolFromSmiles(smi) 用doRandom产生随机smiles random_equivalent_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles(smi),doRandom=True) random_equivalent_smil
rdkit&python | 标准化检查分子正确性
ASKCOS博客
08-21 1984
分子结构处理 Molecular Sanitization 默认情况下，RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理（Molecular Sanitization）。 结构处理的过程中会自动计算一些有用信息，如杂化、环信息等，保证分子的结构在化学上是合理的：价键合理。 Sanitization的检查过程，包含11步。 clearComputedProps: 清除已有的分子、原子、键的计算性质，如 This step is always performed. cleanUp: 对非标准价键进行标准化处理，
opsin&python | 化学命名与smiles转换
ASKCOS博客
12-30 1787
OPSIN OPSIN is a Java library for IUPAC name-to-structure conversion offering high recall and precision on organic chemical nomenclature. Java 8 (or higher) is required for OPSIN 2.6.0 Supported outputs are SMILES, CML (Chemical Markup Language) and InChI
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

ASKCOS

你的鼓励是我最大的动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值