Seurat V5标准分析流程（自备合集）

感性逻辑

已于 2024-08-18 15:22:09 修改

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分类专栏：文献复现文章标签：论文阅读大数据

于 2024-08-18 14:33:04 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/hx2024/article/details/141299608

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2015年，一款开创性的单细胞分析工具Seurat首次亮相，从这以后单细胞分析得到了广泛普及，不久前Seurat重磅推出了V5版本。今天给大家分享Seurat V5的标准分析流程。

单细胞专题 | 从GEO数据库中下载并批量读取单细胞数据——10X标准文件 (qq.com)

单细胞专题 | Seurat V5标准分析流程 (qq.com)

细胞专题 | Seurat V5 一行代码去除批次效应

Seurat V5有多种去批次方法：

用Seurat V5中新增的IntegrateLayers函数，可以实现一行代码去批次，当前支持以下几种主流的单细胞去批次，其中包含了我们上面用到的harmony。注意去批次前可能需要分层。

Anchor-based CCA integration (method=CCAIntegration)

Anchor-based RPCA integration (method=RPCAIntegration)

harmony (method=HarmonyIntegration)

FastMNN (method= FastMNNIntegration)

单细胞专题 | Seurat V5 一行代码去除批次效应 (qq.com)

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seurat v5更新及样本整合方法

hx2024的博客

08-12

1923

1 Seurat 对象和 Assay 类发生了变化:支持更多种类的检测和数据类型，包括磁盘上的矩阵。引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。可以使用 $ 访问器或 LayerData 函数来访问数据。现有的 Seurat v4 函数和工作流程仍可在 v5 中使用。2 整合工作流程发生了变化:简化了整合流程，提高了速度和内存效率。整合结果与 v4 工作流程略有不同，但用户仍可在 v5 中运行 v4 整合工作流程。

单细胞Seurat标准分析流程R语言封装

最新发布

LittleComputerRobot的博客

04-11

307

单细胞Seurat标准分析流程R语言封装

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SeuratV5教程

m0_71117552的博客

08-22

2069

默认情况下，我们采用一种全局缩放归一化方法“LogNormalize”，该方法通过细胞的总表达量对每个细胞的特征表达量进行归一化处理，然后乘以一个缩放因子（默认情况下为10,000），并对结果进行对数变换。该对象包含单单元数据集的数据（如计数矩阵）和分析（如PCA或聚类结果），在Seurat v5中，计数矩阵存储在pbmc[["RNA"]]$counts中。接下来，我们计算数据集中表现出高细胞间变异性的特征子集（即在某些细胞中高度表达，而在其他细胞中低度表达的特征）。10.cluster注释。

单细胞seurat V5 to V4

holabaguio的博客

03-20

3361

由于前期整理数据的时候不小心用了V5，导致数据merge时发现同时有V4和V5，最后的结构发生错乱，影响后续分析，但是数据量太大，不想重新跑，就研究了一下。这样就好了，后面merge的时候还是会有一个报错，但是我看了下结果，没什么不同，就没管了。仅供参考，如有问题欢迎指出。

自用-Seurat V5 提取表达矩阵

riyiya的博客

04-08

290

Seurat V5提取表达/counts矩阵

全网最详细Seurat v5 流程复现(拿来即用)

ZxVSaccount的博客

08-09

1万+

本文是基于seurat v5版本的教程复现,主要依据来源于官网seurat v5建议大家有时间的话可以去官网进行详细阅读学习!本节内容在之前seurat v4的教程都很多都有提到,文章所用到的数据及代码已经给各位放在这里了,有需要自取!请点击这里哦提取码：bui1。

④分析胃癌组蛋白脱乙酰酶HDS模型-Seurat V5标准流程

hx2024的博客

08-13

938

前面有数据的整理和创建Seurat V4数据整理，数据的获取方式一致。

Integrative analysis in Seurat v5

hx2024的博客

08-18

585

综合分析可以帮助匹配数据集之间的共享细胞类型和状态，这可以提高统计能力，最重要的是，有助于跨数据集进行准确的比较分析。在Seurat的早期版本中，我们引入了整合分析的方法，包括我们的“基于锚点”的整合工作流。我们认识到，虽然在许多问题上匹配数据集之间的共享细胞类型的目标可能很重要，但用户也可能会关心使用哪种方法，或者集成可能会导致生物学分辨率的损失。在这篇短文中，我们使用了一个人类PBMC的数据集，该数据集采用了七种不同的技术，作为系统比较分析(pbmcsca)的一部分。

Seurat V5 | 最火的单细胞测序分析工具重磅更新啦！~

m0_72224305的博客

04-01

2649

的分析方法，将大型数据集的代表性子样本存储在内存中以实现快速和迭代分析，而完整数据集仍可通过磁盘存储访问。更新后，作者引入了新方法来分析、解释和探索跨越数百万个细胞的数据集，即使它们无法完全加载到内存中。这种方法利用了单独的多组学数据集作为分子“桥梁”，在低维空间中进行整合，并返回一个目标降维（例如。不断更新和改进，增加了许多新功能，包括对空间转录组数据的分析和可视化，以及对多组学数据的整合。等）的空间数据集分析技术都具有独特的优势，需要根据实际情况选择分析方法。~🤩（左右滑动哦，亲）

Seurat--V5.0_数据存放结构的改变以及对象的构建

jiangshandaiyou的博客

03-26

2201

【代码】Seurat--V5.0_数据存放结构的改变以及对象的构建。

Seurat 降级：从V5降级到V4

woodman的专栏

03-15

8836

Seurat更新增加了一些功能，由于前期都是V4的结果，当使用过程中，容易报错，于是想降级。方法一：降级软件版本，参考。方法二：格式转化，参考。

Seurat分析单细胞标准流程

xz10070617的博客

12-04

7831

Seurat分析单细胞数据流程

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门

LittleComputerRobot的博客

04-21

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单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门

安装seurat v5,与seurat v4共存

生信小博士的博客

12-28

3312

我要更高级点，学习y叔，安装v5时，同时不要删除我已经存在的v4。本文技术不难，更多的是一种思想方法，帮助大家去开拓自己的思路。虽然是红色的warning，但是顺利安装成功啦！安装suerat v5,同时不删除之前的v4。可以看到作者已经贴心的告诉我怎么安装啦。交流更多，加交流群，备注姓名学校。

seurat v5对象转换成v4 ；seurat v4和v5互相转换

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生信小博士的博客

12-27

1万+

官网上都说啦：https://satijalab.org/seurat/articles/announcements.html。在计算 log-FC 时，在组级别而不是细胞级别实施伪计数，这可能会导致更高的 logFC 估计值，但也可能更不稳定。整合结果与 v4 工作流程略有不同，但用户仍可在 v5 中运行 v4 整合工作流程。引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。函数进行伪批量分析，以降低噪音、提高低表达基因的定量并减少数据矩阵的大小。

SCS【21】单细胞空间转录组可视化 (Seurat V5)

weixin_41368414的博客

04-13

1614

桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取SCS【4】单细...

Seurat v4 与 v5 数据整合工作流的技术差异说明

Norah 的技术博客

09-04

1415

随着近年来 Seurat 团队的不断更新，该分析框架已经发展到了 v5 版本。相较于之前的版本，Seurat v5 在数据结构和分析方法上都进行了许多重要的调整和改进。本帖收集了一些资料特别对新旧版本的数据整合工作流之间的一些差异进行了汇总。

Seurat V5安装

hzau_t的博客

11-20

1603

软连接到/usr/local/bin 我理解这部分内容比较类似于将hdf5中的内容添加到系统环境变量中，因此R能识别到hdf5相关编译器，与这部分下列注释的代码可能有异曲同工之妙。这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已经安装好了，只是不能加载 hdf5 动态库,需要手动配置 hdf5 动态库 libhdf5_hl.so.310。虽说能解决hdf5r的安装问题，但是BPCells仍然安装不上，因此用conda安装hdf5，然后安装BPCells成功。官网推荐安装以下四个包，作用详见注释。

跟着Seurat官网学空间转录组（Slide-seq数据集为例）

coffeeii的博客

05-31

2877

Slide-seq版本。

seurat v5 把多个样本读入一个layer

11-12

Seurat v5 是一个用于单细胞转录组数据分析的流行R包，它提供了一种高效的方式来处理和分析单细胞RNA测序数据。在v5版本中，如果你想要将多个样本的数据合并到一个`SeuratObject`（层，Layer）里，你可以按照以下步骤操作： 1. **加载数据**：首先，你需要分别对每个样本的数据文件（通常为 `.h5ad` 格式）进行读取，可以使用 `CreateSeuratObject()` 函数。 ```r library(Seurat) # 对于每个样本 sample_1 <- Read10X_mtx("path/to/sample1/raw_data") sample_1 <- CreateSeuratObject(sample_1, ...) sample_2 <- Read10X_mtx("path/to/sample2/raw_data") sample_2 <- CreateSeuratObject(sample_2, ...) ``` 2. **整合数据**：创建完每个样本的对象后，可以使用 `AddData()` 或 `Merge()` 函数将它们合并到同一个 `SeuratObject` 中。假设你想要基于每个细胞的基因表达值合并，可以这样做： ```r # 如果所有样本来自同一平台，可以直接Merge combined <- Merge(sample_1, sample_2) # 如果需要考虑技术差异，可能先需要对每个样本进行正常化、质量控制等预处理步骤 normalized_sample_1 <- NormalizeData(sample_1) normalized_sample_2 <- NormalizeData(sample_2) combined <- Merge(normalized_sample_1, normalized_sample_2) ``` 3. **标记样本标识**：为了以后能够区分每个样本的来源，可以在 `Combined` 对象上添加一个新的列或标志： ```r combined$sample_id <- c("Sample1", "Sample2") # 或者根据实际样本名称 ``` 现在，`combined` 就是一个包含了多个样本数据的 Seurat 层了。你可以一起进行后续的分析如绘图、聚类等。