Seurat V5标准分析流程（自备合集）

已于 2024-08-18 15:22:09 修改
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分类专栏： 文献复现 文章标签： 论文阅读 大数据
于 2024-08-18 14:33:04 首次发布
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2015年，一款开创性的单细胞分析工具Seurat首次亮相，从这以后单细胞分析得到了广泛普及，不久前Seurat重磅推出了V5版本。今天给大家分享Seurat V5的标准分析流程。

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单细胞专题 | Seurat V5标准分析流程 (qq.com)

细胞专题 | Seurat V5 一行代码去除批次效应

Seurat V5有多种去批次方法：

用Seurat V5中新增的IntegrateLayers函数，可以实现一行代码去批次，当前支持以下几种主流的单细胞去批次，其中包含了我们上面用到的harmony。注意去批次前可能需要分层。

Anchor-based CCA integration (method=CCAIntegration) 

Anchor-based RPCA integration (method=RPCAIntegration) 

harmony (method=HarmonyIntegration) 

FastMNN (method= FastMNNIntegration) 

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hx2024
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seurat v5更新及样本整合方法
hx2024的博客
08-12 829
1 Seurat 对象和 Assay 类发生了变化:支持更多种类的检测和数据类型，包括磁盘上的矩阵。引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。可以使用 $ 访问器或 LayerData 函数来访问数据。现有的 Seurat v4 函数和工作流程仍可在 v5 中使用。2 整合工作流程发生了变化:简化了整合流程，提高了速度和内存效率。整合结果与 v4 工作流程略有不同，但用户仍可在 v5 中运行 v4 整合工作流程。
全网最详细Seurat v5 流程复现(拿来即用)
ZxVSaccount的博客
08-09 2744
本文是基于seurat v5版本的教程复现,主要依据来源于官网seurat v5建议大家有时间的话可以去官网进行详细阅读学习!本节内容在之前seurat v4的教程都很多都有提到,文章所用到的数据及代码已经给各位放在这里了,有需要自取!请点击这里哦提取码：bui1。
R语言：单细胞数据质控
weixin_69558614的博客
05-16 907
mask2 <- seurat$nFeature_RNA >= 200 & seurat$nFeature_RNA <= 10000 #每个细胞中检测到的基因数量。> seurat[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seurat, pattern = "^MT-")#线粒体基因。> seurat[["percent.rb"]] <- PercentageFeatureSet(seurat, pattern = "^RP")#核糖体基因。
④分析胃癌组蛋白脱乙酰酶HDS模型-Seurat V5标准流程
hx2024的博客
08-13 654
前面有数据的整理和创建Seurat V4数据整理，数据的获取方式一致。
seurat v5对象转换成v4 ；seurat v4和v5互相转换
生信小博士的博客
12-27 7789
官网上都说啦：https://satijalab.org/seurat/articles/announcements.html。在计算 log-FC 时，在组级别而不是细胞级别实施伪计数，这可能会导致更高的 logFC 估计值，但也可能更不稳定。整合结果与 v4 工作流程略有不同，但用户仍可在 v5 中运行 v4 整合工作流程。引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。函数进行伪批量分析，以降低噪音、提高低表达基因的定量并减少数据矩阵的大小。
Seurat V5 | 最火的单细胞测序分析工具重磅更新啦！~
m0_72224305的博客
04-01 2179
的分析方法，将大型数据集的代表性子样本存储在内存中以实现快速和迭代分析，而完整数据集仍可通过磁盘存储访问。更新后，作者引入了新方法来分析、解释和探索跨越数百万个细胞的数据集，即使它们无法完全加载到内存中。这种方法利用了单独的多组学数据集作为分子“桥梁”，在低维空间中进行整合，并返回一个目标降维（例如。不断更新和改进，增加了许多新功能，包括对空间转录组数据的分析和可视化，以及对多组学数据的整合。等）的空间数据集分析技术都具有独特的优势，需要根据实际情况选择分析方法。~🤩（左右滑动哦，亲）
Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（差异分析与细胞注释）（五）
m0_72224305的博客
10-22 5450
1写在前面 本期我们介绍一下如何使用Seurat包进行差异分析，以及如何使用SingleR进行细胞注释。😘 2用到的包 rm(list = ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(SingleR)library(celldex)library(RColorBrewer)library(SingleCellExperiment) 3示例数据 这里我们还是使用之前建好的srat文件，我之前保存成了.Rdata，这里就直接加载了。🧐 load("./srat2.
Seurat分析单细胞标准流程
xz10070617的博客
12-04 6650
Seurat分析单细胞数据流程
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门.md
05-12
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
LittleComputerRobot的博客
04-21 1334
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
Seurat4.0 系列教程1 分析流程
zhengxj_的博客
09-02 338
seurat
《Pyramid Vision Transformer》论文笔记
Zssss12的博客
09-19 870
尽管卷积神经网络 (CNN) 在计算机视觉中取得了巨大成功，但这项工作研究了一种更简单、无卷积的骨干网络，可用于许多密集预测任务。与最近提出的专门为图像分类设计的Vision Transformer (ViT) 不同，我们引入了金字塔视觉转换器 (PVT)，它克服了将 Transformer 移植到各种密集预测任务的困难。与现有技术相比，PVT有几个优点。(1) 与通常产生低分辨率输出并产生高计算和内存成本的 ViT 不同，PVT 不仅可以在图像的密集分区上进行训练以实现高输出分辨率，
【论文阅读】Slim Fly: A Cost Effective Low-Diameter Network Topology 一种经济高效的小直径网络拓扑
Messiah___的博客
09-19 1251
Slim Fly 一种高性能、经济高效的网络拓扑，它接近理论上的最佳网络直径。Slim Fly网络拓扑是基于一种图论方法，这种方法试图近似解决度-直径问题（degree-diameter problem）。度-直径问题是图论中的一个经典问题，指的是在给定图的度数（每个节点连接的边的数量）和直径（两个节点之间的最大最短路径长度）约束下，寻找具有最大节点数的图。换句话说，就是在限制网络中每个节点连接的数量（度）和网络的最大通信距离（直径）的条件下，设计一个尽可能大的网络。
论文阅读--Planning-oriented Autonomous Driving（二）
hzlalb的博客
09-19 952
在这篇文献《Planning-oriented Autonomous Driving》中，作者提出了一个创新的自动驾驶系统框架UniAD，它以规划为核心，将感知、预测和规划任务集成在一个统一的网络中，通过基于查询的设计实现不同模块间的有效通信和信息共享。UniAD采用端到端的训练方法，允许直接从传感器数据学习到规划结果，强调了对规划模块的专门设计，包括自我车辆的显式建模和环境交互。此外，系统引入了非线性优化策略来提高运动预测的物理可行性，并通过同时考虑实例级和场景级信息来增强占用预测的准确性。
论文阅读：Omni-Kernel Network for Image Restoration
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a486259的博客
09-21 1036
1、整个论文的出发点在于Transformer在图像增强领域效果好的核心在于全局感知能力，故而在cnn方法上提出OKM模块可以使模型具备全局感知能力。 2、OKM模块由全局分支（频域感知）、大分支（conv63x63）和局部分支（conv1x1）组成，模块设置在瓶颈层（bottleneck层，即网络中特征图空间最小的区域），可以降低计算量 3、最后就是在描述OKM模块在图像增强(图像去模糊、图像去雨和图像去模糊)领域的效果（加入OKM模块设计后psnr上涨了5个点。）；表明其方法在FLOP为17.86G
单细胞转录组2组数据比较seurat分析
11-27
单细胞转录组是一种研究单个细胞基因表达的技术，通过对单个细胞的基因表达谱进行测定，可以了解不同细胞类型的功能和特征。 在单细胞转录组研究中，常常需要比较不同条件下的细胞样本，以了解它们之间的相似性和差异性。Seurat是一种常用的单细胞转录组分析工具，可以帮助研究者对单细胞数据进行聚类、差异表达基因分析等操作。 当比较单细胞转录组的两组数据时，可以使用Seurat进行分析。首先，需要对两组数据进行预处理，包括数据质控、归一化和降维处理。然后可以使用Seurat的聚类算法将细胞进行分类，并且通过比较两组数据的聚类结果，可以了解它们之间的相似性和差异性。此外，也可以利用Seurat的差异表达基因分析功能，找出两组数据中在不同条件下表达水平显著差异的基因，从而了解不同条件下细胞的功能及特征。 总之，通过使用Seurat分析工具对单细胞转录组的两组数据进行比较，可以帮助研究者更全面地了解不同条件下细胞的差异和相似性，为后续的生物学研究提供重要的参考依据。
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