ChIP-seq后续文件处理 笔记
首先在上一篇文章中我们搜峰所产生的6个文件,下面来详细介绍一下这六个文件的具体概念和用法。
拿ivf所产生的文件来举例说明
ivf_peaks.xls文件
其中各列名称的含义
- 染色体号
- peak起始位点
- peak结束位点
- peak区域长度
- peak的峰值位点(summit position)
- peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit)
- peak的富集倍数(相对于random Poisson distribution with local lambda)
XLS中的坐标是基于1的,与BED格式不同。
要注意的是XLS里的坐标和bed格式的坐标还不一样,起始坐标需要减1才与narrowPeak的起始坐标一样。
ivf_peaks.narrowPeak
上篇文章中所有的图都是利用这个文件作出来的