ChIP-seq产生的文件 解读

最新推荐文章于 2024-04-29 09:15:55 发布
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本文详细介绍了ChIP-seq实验后得到的6个关键文件，包括ivf_peaks.xls、ivf_peaks.narrowPeak、ivf_summits.bed、ivf_control_lambda.bdg和ivf_treat_pileup.bdg，以及ivf_model.r R脚本的用途和内容。ivf_peaks.xls提供峰值信息和统计显著性，ivf_peaks.narrowPeak用于在基因组浏览器中展示和分析，ivf_summits.bed聚焦于峰顶位置，bdg文件用于信号可视化，而ivf_model.r用于生成模型图像。
摘要由CSDN通过智能技术生成

ChIP-seq后续文件处理 笔记

首先在上一篇文章中我们搜峰所产生的6个文件，下面来详细介绍一下这六个文件的具体概念和用法。
拿ivf所产生的文件来举例说明
在这里插入图片描述

ivf_peaks.xls文件

在这里插入图片描述
其中各列名称的含义

  • 染色体号
  • peak起始位点
  • peak结束位点
  • peak区域长度
  • peak的峰值位点（summit position）
  • peak 峰值的高度（pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit）
  • peak的富集倍数（相对于random Poisson distribution with local lambda）

XLS中的坐标是基于1的，与BED格式不同。

要注意的是XLS里的坐标和bed格式的坐标还不一样，起始坐标需要减1才与narrowPeak的起始坐标一样。

ivf_peaks.narrowPeak

上篇文章中所有的图都是利用这个文件作出来的

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sunyu_03
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