GO泡泡图绘制教程

1. 前言
   这个图相对柱状图来说要好看一些，相对更加直观同时包含的信息也更多。
   如果写的东西对您有所帮助，欢迎点赞和关注哈。如果可以，打赏一下会更有更新的动力哈哈哈
2. 数据准备
   同样使用测试数据，使用到GOplot包里面自带的测试数据-EC：EC$david和EC$genelist
   数据说明以及相关的整理在这篇帖子中，这里就不提了。（数据整理及问题总结与解决方法）
3. 代码总结
   载入包

#载入这个包
library(GOplot)
library(openxlsx)

载入数据，这一步在载入自己的数据的时候用

#载入自己的数据
#david <- read.xlsx("GO泡泡图绘制教程/我的数据/GO.xlsx")
#genelist <- read.xlsx("GO泡泡图绘制教程/我的数据/DEmRNA.xlsx")

生成绘图对象

#生成绘图对象
circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist)

然后就可以开始绘图了

#使用泡泡图展现更多维度的数据
GOBubble(circ, labels = 3)#label的意思是在绘图时仅对-log（p.adj）>3的term进行标注

也可以去掉右侧的对应表

GOBubble(circ, labels = 3,table.legend = FALSE)

图片中有好多term，GOplot的reduce_overlap函数能将包含的gene比较相近的term进行去冗余，选一个比较有代表性的term进行展示，这样图片更加简介。

也可以将不同的GO类型分开绘制并且指定颜色以及标题

#按照富集类型将泡泡图分开绘制、添加标题、更改颜色并且指定阈值
GOBubble(circ, title = 'Bubble plot', colour = c('orange', 'darkred', 'gold'), display = 'multiple', labels = 3)
#title指定标题，colour指定颜色，display指定按不同类型分开绘制。

更改背景

#更改背景
GOBubble(circ, title = 'Bubble plot with background colour', display = 'multiple', bg.col = T, labels = 3,ID = FALSE)
#bg.col应仅用于小面图的情况。 如果为TRUE，则面板背景将根据显示的类别着色;ID 决定使用GO的ID还是name进行标注
?GOBubble

ok，GObubble这个函数的所有功能都讲了。