绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB（KEGG）分类图

前言

前两天画KEGG的分类图师兄路过看到了让帮也画一个，一问是两个分组，于是建议参考这篇 Multi-omics reveals that the rumen microbiome and its metabolome together with the host metabolome contribute to individualized dairy cow performance 画差异代谢物的HMDB图就行，还能标出fold change值，简洁明了

数据准备工作

• 找到包含差异代谢产物信息的公司结果对应的如Con vs Exp.pos.annotation.csv文件，用 Excel 打开

• 利用数据透视表，把差异代谢物根据HMDB的SuperClass进行分类，并标出log2FC值，整理成如下（为了之后出图美观，这一步可对每一组的产物根据log2FC值进行排序，选择up值在前还是down值在前；或者把文章中要讨论的关注的点放在前面等）

图片的初步绘制

graphpad prism绘制柱状图

• 打开 graphpad prism ，选择默认的 Column 模板

  ​

• 录入数据（可将上面数据透视表的数据在excel中用转置粘贴功能变成横向的，方便graphpad录入）

• 根据数据集创建Graphs，如下图选择横向柱状图，plot选择均值mean就行，因为每个差异代谢物只对应一个log2FC值

• 生成后如下图

图片的粗加工

• 这时graphpad直接生成的图y轴纵坐标连差异代谢物的名字条目都没显示全，我录入了26种差异代谢物，这里只显示了十来个，缺失是因为限制了显示高度

  • 双击y轴差异代谢物的名字，在弹出的对话框中，红框处调整合适的高度大小，绿框是给每个代谢物间加间隔虚线（美观）
  
  • 调整之后
  

• 针对x轴和y轴，以及bar的粗细颜色等细节，可以直接导进AI里调整，也可以在graphpad里修，这里举例去掉y轴刻度线：双击y轴，在弹出的对话框选择如下

Adobe Illustrator精加工

• 将graphpad中的图片导出为pdf格式，打开 Adobe Illustrator，从右上角文件-打开处导入刚刚存的pdf图（pdf格式方便修改，这样导入才能编辑，直接拖入无法编辑）
• 双击选中y轴和x轴0刻度的分界线按键盘Del键删除，鼠标左键配合shift键多选bar/name调整颜色
• 选择直线段工具，根据前面数据透视表画竖线，并选择文字工具编辑对应HMDB分类
• 调整间距，对齐等细节，最终图如下