Linux下fastp的使用

Linux下fastp的使用

这里使用conda安装的fastp（用于序列质控），第一次学习操作，记录一下

• 到miniconda的安装目录下的bin下启动conda环境
  $ cd /home/twocanis/yes/bin
  #我安装的时候一路yes结果把安装目录也写成了yes……

• 启动conda
  $ . ./activate
  成功后会出现（base）字符
  

• 创建一个存放需要处理的文件的输入和输出的工作目录

  • 创建工作目录
    $ mkdir -p bioitem
  • 将需要处理的文件复制到该工作目录下(我这里是PE双末端测序数据)
    $ cp -rp /home/twocanis/liuzixin_R1.fq.gz /home/twocanis/bioitem
$ cp -rp /home/twocanis/liuzixin_R2.fq.gz /home/twocanis/bioitem

• 使用fastp处理数据

  • 确定转换到工作目录下
    $ cd /home/twocanis/bioitem
  • 使用格式fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz进行质控分析
    $ fastp -i liuzixin_R1.fq.gz -o output.R1.fq -I liuzixin_R2.fq.gz -O output.R2. fq
    
    会同时生成包含.json和.html的质控报告，便于结果的可视化查看