E. coli Bacterial Assembly 大肠杆菌

使用Scaffold因为缺乏完整的基因组

https://github.com/PacificBiosciences/DevNet/wiki/E.-coli-Bacterial-Assembly

该记录只使用了一部分

大肠杆菌细菌大会

编辑新页面

凯西·伯格曼（Casey Bergman）编辑了此页面 2017年10月5日 · 4个修订

Instrument:  PacBio RS II
Chemistry:  C4
Enzyme: P6

摘要

该数据集包括一个SMRT单元格数据，该数据由PacBio RS II系统和P6-C4化学物质收集在大小为20kb的大肠杆菌K12菌株MG1655的文库中。使用SMRT Analysis 2.0或更高版本，组装此SMRT单元可产生> Q50精度的单个重叠群。

下载数据集

主要分析（仪器输出）数据

• 输入SMRT Cell数据文件（7 GB），包括可以导入到SMRT Analysis中的metadata.xml，bas.h5和bax.h5文件。

次要分析数据

• FASTQ格式的最终​​基因组组装（2.6 MB）。HGAP使用SMRT Portal中的默认参数运行。

 

 

E. coli Bacterial Assembly

EditNew Page

Casey Bergman edited this page on 5 Oct 2017 · 4 revisions

Instrument:  PacBio RS II
Chemistry:  C4
Enzyme: P6

Summary

This dataset includes one SMRT Cell of data gathered with a PacBio RS II System and P6-C4 chemistry on a size selected 20kb library of E. coli K12 substrain MG1655. Assembling this SMRT Cell results in a single contig at >Q50 accuracy using SMRT Analysis 2.0 or higher.

Download Datasets

Primary Analysis (Instrument Output) Data

• Input SMRT Cell data files (7 GB) including metadata.xml, bas.h5, and bax.h5 files that can be imported into SMRT Analysis.

Secondary Analysis Data

• Final genome assembly in FASTQ format (2.6 MB). HGAP was run using default parameters in SMRT Portal.