基于多准则决策分析的多因素降维方法检测基因基因相互作用 Multi-factor dimensionality reduction method based on multi-criteria dec

基于多准则决策分析的多因素降维方法检测基因基因相互作

基因-基因相互作用(GGIs)是确定疾病易感性的重要标记。多因素降维(MDR)是一种常用的GGIs检测算法，主要采用正确分类率(CCR)来评价GGI的质量。然而，由于潜在的模型偏好和疾病复杂性，单独的CCR测量可能无法成功地检测某些GGIs。本研究将基于MDR的多准则决策分析(multi -criteria decision analysis, MCDA)命名为MCDA-MDR，用于检测GGIs。MCDA有助于MDR在MDR的双向列联表内同时采取多种措施来评估GGIs;采用CCR法和规则效用法。交叉验证一致性被用来确定最有利的GGIs在帕累托集合。通过仿真研究比较了mdr - onbased measure与MCDA-MDR的检测成功率，发现MCDA-MDR具有较高的检测成功率。使用MCDA-MDR分析Wellcome Trust病例对照联盟的数据集，以检测与冠状动脉疾病相关的GGIs, MCDA-MDR成功地检测到大量显著的GGIs (p < .001)。MCDA-MDR性能评估表明，与单独使用MDR相比，应用MCDA成功地提高了基于MDR的方法的GGI检测成功率。