数据格式

FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估（Quality Control）
zcat tmp.fq.gz | head -10000 >tmp.fq : 查看该压缩文件取前10000行 导入到tmp.fq文件。
cat tmp.fq | paste ---- | cut -f 2 | cut -c 1 | sort | uniq -c : 查看tmp.fq文件，将四行变成一行，取其第二列再切割取其第一个字符，排序，去除重复行并统计重复次数。

使用bwa比对：
bwa mem 索引前缀 tmp.fq > tmp.sam : 比对生成.sam文件
bwa mem 索引前缀 tmp.fq > tmp.sam ：比对生成.bwa.log文件

将.sam文件转换成.bam文件：
samtools view -bs tmp.sam >tmp.bam

查看.bam文件：
samtools view -h tmp.bam （-h: 查看头部）

对.bam文件进行排序：
samtools sort tmp.bam >tmp.sorted.bam

找变异（）：
samtools mpileup -ugf hg38.fa .bam | bcftools call -vmo z -a rmdup.bcftools.vcf.gz

---

2018-12-26_223302.png

2018-12-26_223657.png

2018-12-27_224408.png

2018-12-27_224526.png

2018-12-27_225748.png

2018-12-27_225948.png

2018-12-27_230309.png

2018-12-27_230733.png

2018-12-27_230756.png

2018-12-27_230915.png

2018-12-27_231005.png

2018-12-27_231031.png

2018-12-27_231107.png

2018-12-27_231135.png

2018-12-27_231154.png

2018-12-27_231921.png