嵌合体 Chimera
caoqiansheng已关注
2020.05.20 15:48:15字数 0阅读 32
什么是嵌合体?
肖ano关注
0.0862020.09.04 15:58:41字数 238阅读 233
在PCR反应中,在延伸阶段由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现。如下图所示:在扩增序列Template1的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分Template1序列在延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为序列Template2的引物接着延伸,扩增就会形成Template1和Template2的嵌合体序列。通常在PCR过程中,大概有1%的几率会出现嵌合体序列,而在16S/18S/ITS 扩增子测序的分析中,由于序列相似度很高,嵌合体可达1%-20%,因此需要去除嵌合体序列。去除嵌合体可以将拼接好的Tags比对到参考数据库当中确定嵌合体,然后进行去除,这一步可以用mothur[2]软件实现。
图1