三代测序数据超快组装软件--大牛Li heng 力作
(2017-06-19 16:53:46)
分类: 三代 |
1:软件链接:https://github.com/lh3/miniasm
2:文章链接:https://arxiv.org/pdf/1512.01801.pdf
3:组装软件miniasm,还需要用到比对软件Minimap
4:输出格式为gfa格式,在网上搜一下该格式可以直接转换为序列文件就是组装结果
5:咱们知道三代数据一般需要consensus步骤,因此这里推荐racon,文章链接:http://genome.cshlp.org/content/early/2017/01/18/gr.214270.116
6:使用帮助:
https://github.com/isovic/racon
7:软件确实组装快但是效果怎么样确实不敢说,测试中。
8:另外racon除了可以对组装结果进行consensus意外,还可以用于对初始三代测序的矫正。另外对于三代测序的矫正还有Sparc,但是针对于大基因组而言,Miniasm+Sparc比较慢。
参考文献:
Vaser R, Sović I, Nagarajan N, et al. Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads[J]. Genome research, 2017, 27(5): 737-746.
Li H. Minimap and miniasm: fast mapping and de novo assembly for noisy long sequences[J]. Bioinformatics, 2016: btw152.