三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

最新推荐文章于 2023-04-17 21:02:39 发布
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三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

  • PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍
    • PB：光信号，荧光基团结合碱基测序
    • Nanopore：电信号
    • 优点
      • 无GC偏好性
    • 缺点
      • 错误率较高
      • 有效孔只有三分之一
  • 三代测序组装方法
    • 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
    • 常用软件
      • Canu
        • 纠错、修剪、组装
      • FALCON（PB自主开发）
        • 可做二倍体和单倍体
        • 可通过Hi-C数据对二倍体进行组装
      • MECAT
      • 文献结论

  • 三代测序应用场景
    • 基因组
      • 测序优势
        • 可价格低contig数量，减少后续拼接与注释的工作量，节省时间
        • 提高了基因组组装的完整度
      • 算法
        • OLC
        • DBG
    • 表观遗传学（甲基化）
      • 总量鉴定
      • 高通量测序
    • 宏基因组
    • 全场转录本
    • 全长16S
  • 二代+三代组装分析比较
    • Nanopore组装效果比较好
    • 优势
      • 基因全面
      • 组装N50效果好
      • binning高质量基因组
wangchuang2017
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pb dropdownlistbox 代码设置日期_神灯宝典之PB三代重测序分析实录（一）
weixin_39783156的博客
11-26 1037
神灯宝典▶◀ PB三代重测序分析实录(一)以PacBio公司SMRT技术为代表的第三代单分子荧光测序平台，相较于传统NGS平台，虽测序费用较高，在CLR模式下测序错误率达5~15%，然而其长读长(十KB到几十KB)，且在HiFi模式下测序准确，无需PCR扩增等优点为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。目前PB三代测序广泛应用于基因组Denovo、全长转录本检测、宏基因组...
picbio三代测序原理.doc
10-07
picbio三代测序原理.doc
三代组装小基因组研究综述
weixin_30302609的博客
10-19 177
三代组装小基因组研究综述 三代测序 组装 三代组装各种原理和方法都有。 近日illumina发布了新的测序仪NovaSeq系列，这个测序是相当的便宜，这个可能对于打开100美元人类基因组时代的大门有巨大的帮助。不过本篇文章小编不讲NovaSeq，感兴趣的自行百度就可以了。 小编目前主要是三代动植物基因组方向，今天高铁上跨了个界读了14年的一篇三代在小基因中的应...
第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用
wangprince2017
09-30 709
第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用 张子敬刘燕蓉张顺进贺花李佳霄刘贤吕世杰李志明王二耀雷初朝黄永震 【摘要】：在自然界中,生物DNA的碱基序列包含着生物体中绝大多数的遗传信息,破译这些碱基序列就成了探索生命奥秘的至关重要的课题。随着第二代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)的发展和应用,其弊端正在显现,而第三代单分子测序技术在一定程度上可以弥补NGS技术在应用中的一些不足。本文阐述了第三代单分子测序技术的2个测...
2020.9.4丨三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
09-04 1512
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景 PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB：光信号，荧光基团结合碱基测序 Nanopore：电信号 优点 无GC偏好性 缺点 错误率较高 有效孔只有三分之一 三代测序组装方法 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
2000多套实验方案，总有一款适合你！STAR Protocols涵盖全学科
悟道西方
04-17 2433
STAR Protocols是Cell Press细胞出版社旗下一本开放获取、同行评审期刊，主要发布来自生命、健康、地球和物质科学所有领域的结构化、透明和可重复的分步实验和计算方法。迄今为止，我们已经发布了来自 52 个不同国家或地区的实验室的 2,000 多份实验和计算方法。这些实验方法由来自全球 76 个国家或地区的志愿审稿人进行审查。我们发表的实验方法推动了与其相关的研究论文的引用，从而提高...
基于第三代测序技术的基因组组装方法及其在烟草中的应用
wangprince2017
05-11 3240
基于第三代测序技术的基因组组装方法及其在烟草中的应用 卢鹏,金静静,李泽锋,曹培健,范楷,许亚龙 摘要：第三代测序技术凭借着片段读长更长的优势在基因组研究中得到广泛应用。为此，回顾了测序技术的发展，总结了三代测序技术的优缺点，重点对第三代测序技术的基因组组装方法，包括数据预处理、序列组装、组装之后的序列修补和序列的染色体定位方法进行了追踪和统计，同时介绍了测序技术和基因组组...
基于二代和三代测序技术的柚子基因组混合拼装
wangprince2017
09-01 2764
第二代 和第三代测序技术的出现推动了基因组项目 和高通量基因组学 研究的快速发展 1.3 第二代 和第三代高通量测序技术及其特点 除了少数物种以RNA或多肽 作为 遗传信息的载体之外,绝大多数生物以 DNA分子作为自身的遗传物质。 利用DNA测序技术获得DNA的碱基序列信息并对其进行解码,是现代分子生物学研究的重要组成部分,也是生物信息学研究的重要基础。 DN...
2020.09.17丨PB&ONT比较概览
09-17 1686
补充一下目前两个主流的三代测序产品PB和ONT PB&ONT比较概览 ONT 生产国：英国 设备种类：MinION GridION X5 PromethION-β PromethION-24 PromethION-48 便携、实时； 户内、户外 使用酶：解旋酶/马达蛋白 孔：纳米孔蛋白（Nanopore） 膜：多聚合物膜 外力：ATP-马达蛋白-纳米孔-ds DNA 信号：电信号-fast5 分析：fastQ PB 生产国：美国 设备种类：RSI.
测序原理 - PacBio技术资料
weixin_33968104的博客
12-06 1173
手头有一套完整的PacBio技术资料，会慢慢的总结到博客上。 写在前面：PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS，一个是最新的Sequel，下面如果没有指明则是在讲RS平台。 SMRT测序技术总览（SMRT® Sequencing Technology Overview） 首先必须对下面几个东西形成概念： 1.SMRT Cell：纳米制造的，不可回收的消耗品，每个 cell 里有 1M...
三代基因组组装软件
07-03
MECAT is an ultra-fast Mapping, Error Correction and de novo Assembly Tools for single molecula sequencing (SMRT) reads. MECAT employs novel alignment and error correction algorithms that are much more efficient than the state of art of aligners and error correction tools. MECAT can be used for effectively de novo assemblying large genomes. For example, on a 32-thread computer with 2.0 GHz CPU , MECAT takes 9.5 days to assemble a human genome based on 54x SMRT data, which is 40 times faster than the current PBcR-Mhap pipeline. We also use MECAT to assemble a diploid human genome based on 102x SMRT data only in 25 days. The latter assembly leads a great improvement of quality to the previous genome assembled from the 54x haploid SMRT data. MECAT performance were compared with PBcR-Mhap pipeline, FALCON and Canu(v1.3) in five real datasets. The quality of assembled contigs produced by MECAT is the same or better than that of the PBcR-Mhap pipeline and FALCON. Here are some comparisons on the 32-thread computer with 2.0 GHz CPU and 512 GB RAM memory:
三代测序原理技术比较.docx
10-11
在本文中，我们将对三代测序技术的原理和特点进行比较和分析。测序技术是指获得 DNA 或 RNA 序列的过程，这种技术在生命科学领域中具有非常重要的意义。自从 1977 年 Sanger 法的出现以来，测序技术已经经历了多次...
三代测序原理技术比较.doc
09-29
三代测序原理技术比较.doc
三代测序预处理.pdf
08-04
三代测序预处理.pdf
三代基因组测序技术原理简介.pdf
最新发布
11-16
三代基因组测序技术原理简介.pdf
校正第三代测序数据
wangprince2017
10-26 831
校正第三代测序数据 皮埃尔·莫里斯1详细信息 1LITIS-计算机科学，信息处理和系统实验室 在FR 摘要：本论文的目标是处理来自高速定序器（尤其是第三代定序器）的数据的广泛问题的一部分，该问题主要针对于校正序列错误，以及校正对基础分析质量（尤其是对装配体）的影响。首先，本论文的目标之一是评估和比较各种混合校正方法（另外还使用短读）和自校正（仅基于最新阅读的长篇文章中包含的信息。通过...
dCas9稳转细胞系概述
Bio12345的博客
01-06 3875
CRISPR抑制（CRISPRi）技术使用丧失酶切活性的Cas9（deadCas9，dCas9），dCas9能到达向导RNA指定的位点，但无力对DNA进行剪切（Cell, 152:1173-83, 2013）。当dCas9结合到基因组的时候，会阻断转录机器的结合，能抑制靶基因的转录，而不论靶基因是编码还是非编码的DNA片段。CRISPRi的可逆性是其一大特色。另一项成熟的基因抑制实验：RNA干扰（RNAi）技术的作用靶点是RNA，而CRISPRi阻止转录的起始，对基因的沉默更彻底。此外RNAi的脱靶效应..
科大奥锐干涉法测微小量实验的数据_人类历史十大经典物理实验
weixin_32838901的博客
12-16 824
美国两位学者在全美物理学家中做了一份调查，请他们提名有史以来最出色的十大物理试验，结果刊登在了美国《物理世界》杂志上。令人惊奇的是十大经典试验几乎都是由一个人独立完成，或者最多有一两个助手协助。试验中没有用到什么大型计算工具比如电脑一类，最多不过是把直尺或者是计算器。所有这些实验的另外共通之处是他们都仅仅“抓”住了物理学家眼中“最美丽”的科学之魂：最简单的仪器和设备，发现了最根本、最单纯的科学概念...
三代测序知识学习----Sequel
wangprince2017
06-13 1830
三代测序知识学习----Sequel (2017-03-26 22:38:34) 转载▼ 分类：三代 知识链接：http://www.pacb.com/blog/new-chemistry-software-sequel-system-improve-read-length-lower-project-costs/ 1：2017年1月23号，发布了新的测序试剂V2 che...
三代测序在基因组测序中的应用
06-11
三代测序技术是指利用单分子技术直接测序DNA分子，相较于传统的二代测序技术，具有以下优势： 1. 长读长：传统二代测序技术的读长通常在几百bp至几十kb不等，而三代测序技术的读长可以达到数百kb甚至Mb级别，可以更好地解决基因组中的复杂结构和重复序列。 2. 高通量：三代测序技术可以同时测序多个DNA分子，可以快速高效地完成基因组测序。 3. 低成本：相较于二代测序技术，三代测序技术的成本更低。 三代测序技术在基因组测序中的应用也非常广泛，包括但不限于以下几个方面： 1. 基因组组装：三代测序技术可以生成长读长序列，可以帮助解决基因组中的复杂结构和重复序列，提高基因组组装的质量和连续性。 2. 基因表达：三代测序技术可以直接测序RNA分子，可以帮助研究基因表达的细节和调控机制。 3. 基因突变：三代测序技术可以检测基因组中的突变和变异，可以帮助诊断和治疗遗传疾病。 4. 生态环境：三代测序技术可以对环境中的微生物进行测序，可以帮助研究生态系统中的微生物多样性和功能。 5. 肿瘤研究：三代测序技术可以帮助研究肿瘤的基因变异和表达模式，帮助个体化治疗。 6. 人类进化：三代测序技术可以帮助研究人类进化历程和人类基因组的起源。 7. 农业育种：三代测序技术可以帮助研究农作物和家畜的基因组，提高育种效率和品质。 总体来说，三代测序技术在基因组研究和应用中具有广泛的应用前景和潜力。

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