三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

最新推荐文章于 2024-08-26 14:27:11 发布
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三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

  • PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍
    • PB：光信号，荧光基团结合碱基测序
    • Nanopore：电信号
    • 优点
      • 无GC偏好性
    • 缺点
      • 错误率较高
      • 有效孔只有三分之一
  • 三代测序组装方法
    • 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
    • 常用软件
      • Canu
        • 纠错、修剪、组装
      • FALCON（PB自主开发）
        • 可做二倍体和单倍体
        • 可通过Hi-C数据对二倍体进行组装
      • MECAT
      • 文献结论

  • 三代测序应用场景
    • 基因组
      • 测序优势
        • 可价格低contig数量，减少后续拼接与注释的工作量，节省时间
        • 提高了基因组组装的完整度
      • 算法
        • OLC
        • DBG
    • 表观遗传学（甲基化）
      • 总量鉴定
      • 高通量测序
    • 宏基因组
    • 全场转录本
    • 全长16S
  • 二代+三代组装分析比较
    • Nanopore组装效果比较好
    • 优势
      • 基因全面
      • 组装N50效果好
      • binning高质量基因组
wangchuang2017
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2020.9.4丨三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
09-04 1664
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景 PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB：光信号，荧光基团结合碱基测序 Nanopore：电信号 优点 无GC偏好性 缺点 错误率较高 有效孔只有三分之一 三代测序组装方法 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
pb dropdownlistbox 代码设置日期_神灯宝典之PB三代重测序分析实录（一）
weixin_39783156的博客
11-26 1130
神灯宝典▶◀ PB三代重测序分析实录(一)以PacBio公司SMRT技术为代表的第三代单分子荧光测序平台，相较于传统NGS平台，虽测序费用较高，在CLR模式下测序错误率达5~15%，然而其长读长(十KB到几十KB)，且在HiFi模式下测序准确，无需PCR扩增等优点为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。目前PB三代测序广泛应用于基因组Denovo、全长转录本检测、宏基因组...
第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用
wangprince2017
09-30 736
第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用 张子敬刘燕蓉张顺进贺花李佳霄刘贤吕世杰李志明王二耀雷初朝黄永震 【摘要】：在自然界中,生物DNA的碱基序列包含着生物体中绝大多数的遗传信息,破译这些碱基序列就成了探索生命奥秘的至关重要的课题。随着第二代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)的发展和应用,其弊端正在显现,而第三代单分子测序技术在一定程度上可以弥补NGS技术在应用中的一些不足。本文阐述了第三代单分子测序技术的2个测...
三代测序数据基因组组装流程（一）
weixin_45963508的博客
08-26 1315
以上便是第一步预组装的全部内容，这里的步骤仅供参考。进行预组装并非简单的公式化的跑流程，而且需要了解自己想要组装的数据和用到的组装软件，根据物种以及测序数据的实际特征，灵活的选择最适合的组装软件，才能得到高质量的组装结果。
三代组装小基因组研究综述
weixin_30302609的博客
10-19 201
三代组装小基因组研究综述 三代测序 组装 三代组装各种原理和方法都有。 近日illumina发布了新的测序仪NovaSeq系列，这个测序是相当的便宜，这个可能对于打开100美元人类基因组时代的大门有巨大的帮助。不过本篇文章小编不讲NovaSeq，感兴趣的自行百度就可以了。 小编目前主要是三代动植物基因组方向，今天高铁上跨了个界读了14年的一篇三代在小基因中的应...
基于第三代测序技术的基因组组装方法及其在烟草中的应用
wangprince2017
05-11 3372
基于第三代测序技术的基因组组装方法及其在烟草中的应用 卢鹏,金静静,李泽锋,曹培健,范楷,许亚龙 摘要：第三代测序技术凭借着片段读长更长的优势在基因组研究中得到广泛应用。为此，回顾了测序技术的发展，总结了三代测序技术的优缺点，重点对第三代测序技术的基因组组装方法，包括数据预处理、序列组装、组装之后的序列修补和序列的染色体定位方法进行了追踪和统计，同时介绍了测序技术和基因组组...
基于二代和三代测序技术的柚子基因组混合拼装
wangprince2017
09-01 2860
第二代 和第三代测序技术的出现推动了基因组项目 和高通量基因组学 研究的快速发展 1.3 第二代 和第三代高通量测序技术及其特点 除了少数物种以RNA或多肽 作为 遗传信息的载体之外,绝大多数生物以 DNA分子作为自身的遗传物质。 利用DNA测序技术获得DNA的碱基序列信息并对其进行解码,是现代分子生物学研究的重要组成部分,也是生物信息学研究的重要基础。 DN...
三代测序技术相较于Sanger法有哪些显著的进步和应用优势？
最新发布
11-02
如需更深入了解三代测序技术的具体应用和原理，建议参考《三代基因组测序技术发展历程与应用解析》一书，该书详细介绍了三代测序技术的发展脉络、核心原理和在生命科学领域的多种应用，对于希望掌握这一前沿技术的...
基因组测序技术：组装技术简介
# 1. 介绍 ## 1.1 什么是基因组测序技术 基因组测序技术是一种可以确定DNA序列的方法。...基因组测序技术的广泛应用使得科学家可以针对不同研究目的进行深入的基因研究，加深对遗传信息的理解，并可以有针对性地
现代测序技术中的基因组装与比对算法
然而，Sanger测序法的测序速度和成本限制了其在基因组学研究中的广泛应用。随着生物技术和计算机技术的不断进步，高通量测序技术应运而生。这些技术以其高速、高效、大规模测序等特点，极大地推动了基因组学和生物...
家畜基因组测序与分析方法
因此，研究家畜基因组测序与分析方法具有重要的研究意义和应用前景。 ## 1.2 研究现状与挑战 目前，随着高通量测序技术的不断发展，家畜基因组测序数据的获取变得更加便捷和快速，然而，面对海量的数据信息，如何...
基因组组装（assembly）
hgz2020的博客
09-21 6101
Genome assembly
2020.09.17丨PB&ONT比较概览
09-17 1981
补充一下目前两个主流的三代测序产品PB和ONT PB&ONT比较概览 ONT 生产国：英国 设备种类：MinION GridION X5 PromethION-β PromethION-24 PromethION-48 便携、实时； 户内、户外 使用酶：解旋酶/马达蛋白 孔：纳米孔蛋白（Nanopore） 膜：多聚合物膜 外力：ATP-马达蛋白-纳米孔-ds DNA 信号：电信号-fast5 分析：fastQ PB 生产国：美国 设备种类：RSI.
三代测序的简介和原理
yearstime的博客
03-26 1万+
三代测序的简介 ​ 第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术，即单分子实时DNA测序。第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技为代表，与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。 测序时代的发展 技术原理 第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营： 第一大阵营是单分子荧光测序，代表性的技术为美国螺旋生物(Hel
测序原理 - PacBio技术资料
weixin_33968104的博客
12-06 1237
手头有一套完整的PacBio技术资料，会慢慢的总结到博客上。 写在前面：PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS，一个是最新的Sequel，下面如果没有指明则是在讲RS平台。 SMRT测序技术总览（SMRT® Sequencing Technology Overview） 首先必须对下面几个东西形成概念： 1.SMRT Cell：纳米制造的，不可回收的消耗品，每个 cell 里有 1M...
三代测序知识学习----Sequel
wangprince2017
06-13 1903
三代测序知识学习----Sequel (2017-03-26 22:38:34) 转载▼ 分类：三代 知识链接：http://www.pacb.com/blog/new-chemistry-software-sequel-system-improve-read-length-lower-project-costs/ 1：2017年1月23号，发布了新的测序试剂V2 che...
三代测序技术简介
wangprince2017
09-21 3886
三代测序技术简介 什么是三代测序 三代测序是指单分子测序技术（Single Molecule Real- Time, SMRT），在测序过程中不需要涉及PCR扩增，不仅实现了每一条DNA分子的单独测序，并且避免了潜在的PCR扩增错误和偏好性。 目前，三代测序技术原理分为单分子荧光测序和纳米孔测序两大阵营，其代表公司分别为Pacific Bioscience和Oxford Nanopore Technologies。现在市场接受度和使用度最高的是Pacific Bioscience三代测序仪，其SMRT技
关于三代基因测序，你所需要知道的都在这儿！
热门推荐
wangprince2017
05-12 1万+
关于三代基因测序，你所需要知道的都在这儿！ 一、导读： 在大部分投资者对“二代测序”（NGS）还没有搞清技术细节的情况下，“三代测序”（3GS）又火了。 6月17日，医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅，我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此，我们结合各方面资料归纳总结了三代基因测序的发展历史、原理、优劣势，以及国内外布局的公司等（...
Nanopore牛津纳米孔测16S学习笔记
zd200572的博客
07-03 2268
身处这样一个互联网时代，应当感恩技术带来的便利，从在一个地方不远游就只能是井底之蛙，到今天互联网让我们不出门知天下事，当然，假消息也有。虽然现在许多事和技能仍然需要项目实践，但是不得不说，知识已经不再是一种稀缺的资源，需要时间训练的技能才是。我们应该充分利用好这个时代提供给我们的便利，努力学习和思考。 虽然川普四处设限，但是地球村依然变得越来越“小”，就拿我们生命科学领域来说，ncbi数据库，让...
三代测序在基因组测序中的应用
06-11
三代测序技术是指利用单分子技术直接测序DNA分子，相较于传统的二代测序技术，具有以下优势： 1. 长读长：传统二代测序技术的读长通常在几百bp至几十kb不等，而三代测序技术的读长可以达到数百kb甚至Mb级别，可以更好地解决基因组中的复杂结构和重复序列。 2. 高通量：三代测序技术可以同时测序多个DNA分子，可以快速高效地完成基因组测序。 3. 低成本：相较于二代测序技术，三代测序技术的成本更低。 三代测序技术在基因组测序中的应用也非常广泛，包括但不限于以下几个方面： 1. 基因组组装：三代测序技术可以生成长读长序列，可以帮助解决基因组中的复杂结构和重复序列，提高基因组组装的质量和连续性。 2. 基因表达：三代测序技术可以直接测序RNA分子，可以帮助研究基因表达的细节和调控机制。 3. 基因突变：三代测序技术可以检测基因组中的突变和变异，可以帮助诊断和治疗遗传疾病。 4. 生态环境：三代测序技术可以对环境中的微生物进行测序，可以帮助研究生态系统中的微生物多样性和功能。 5. 肿瘤研究：三代测序技术可以帮助研究肿瘤的基因变异和表达模式，帮助个体化治疗。 6. 人类进化：三代测序技术可以帮助研究人类进化历程和人类基因组的起源。 7. 农业育种：三代测序技术可以帮助研究农作物和家畜的基因组，提高育种效率和品质。 总体来说，三代测序技术在基因组研究和应用中具有广泛的应用前景和潜力。
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