干货分享 | HERMES 计算功能连接指标手册

       由于计算两个（或许多）神经源之间是否存在功能 (FC) 或有效连接 (EC) 的方法多样，以及相应时间系列分析工具的数学复杂性，一些从事神经生理信号分析的研究人对这些指标的计算无从下手， HERMES工具箱完美地集成了这些指标的计算方法以及相关的预处理程序，包括几个常用的FC和EC的线性和非线性指标，从传统的互相关和相干函数到先进的相互依赖的度量，如传递熵。这个工具箱对从事脑连接分析的研究人员非常有帮助。

下面是具体的操作。

1.数据格式转换

用hermes工具包计算功能连接指标时，hermes无法识别预处理过生成的set格式的文件。

接着就需要把set文件转换为hermes能识别的mat格式文件。在进行格式转换前，需要添加EEGLAB工具包，将eeglab2hermes.m所在路径设置为当前路径，再运eeglab2hermes.m脚本，每个set文件会生成一个.mat文件。(有些研究者建议:如果对头皮各个电极之间计算功能连接，建议用平均参考)。

2.安装HERMES

在安装HERMES软件之前，建议大家把Matlab的Set Path里面的内容default（防止工具包冲突），然后再

matlab >> setpath >> add with subfolder>>命令窗输入HERMES

在命令窗口键入HERMES回车弹出HERMES界面则表示工具包安装成功。

3. HERMES  计算功能连接指标

命令窗口键入HERMES，找到File新建一个project。新建的project可以在工具包路径project里找到。

创建完project后，给project命名，导入转换过的mat文件。

导入成功之后就要给数据设置标签了。

依次设置好被试数量，组别数量，条件数量后，根据自己的数据情况给数据标签进行调整，然后点击OK。被试较多，分组较多时，可点击save CSV file 存储为一个表格，用excel进行编辑，然后再Load CSV file。

标签设置完成后依次填写信号的采样率，基线持续时间。

弹出坐标系选择界面，这里选择取消。

所有数据导入完毕后回到Create new project界面，点击OK。

回到HERMES界面，HERMES提供了五类指标的计算，可以根据自己的需求指定想要分析的指标及其参数。

各参数基本默认即可，相位同步WPLI里需设置频率 10 4（代表以10为中心，4为带宽的滤波也即8—12Hz这段）。如需分析新的频段，要创建新的project ，不然前面的计算结果会被覆盖掉。

格兰杰因果指标：

颜色变成蓝色，表示指标已经算好。

弹出计时时间窗口表示计算结束

计算结果指标导出

4、HERMES 可用于分析多变量脑电图和脑磁图记录的神经生理数据，它还包括处理多重比较问题的可视化工具和统计方法。更多具体的使用方法可以查看hermes手册。

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