RDKit | 化合物描述符向量化及部分结构检索

numpy的vectorization

arrays很重要因为它提供了可以批处理数据而不需要写任何for循环，叫做vectorization；

 

化合物描述符向量化及相似性检索

导入库

import pandas as pd
from numpy import vectorize as vec
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Descriptors,PandasTools
from rdkit.Chem.AllChem import Compute2DCoords

载入数据并查看

mols = PandasTools.LoadSDF("cdk2.sdf",smilesName='SMILES',molColName='Molecule',includeFingerprints=True)
mols.head()