NCBI使用prefetch下载以及使用fastq-dump将.sra转fastq时遇到的CA证书验证失败的问题

最新推荐文章于 2024-06-06 14:05:54 发布
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文章讲述了在Linux服务器上利用prefetch下载NCBISRA数据时遇到的SSL证书验证失败问题，通过对比发现版本不匹配导致的。后续提到使用wget解决问题，以及升级sratoolkit到特定版本以兼容fastq-dump。作者最终推荐使用Aspera软件进行更快、更便捷的数据下载。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

在使用prefetch下载ncbi上的sra数据的时候在Linux服务器上运行下面代码

 prefetch SRR3182418

报错了这种类型的错误

2024-04-15T10:48:20 prefetch.2.8.0 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - mbedtls_ssl_handshake returned -9984 ( X509 - Certificate verification failed, e.g. CRL, CA or signature check failed )
2024-04-15T10:48:20 prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  )
2024-04-15T10:48:20 prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR3182418' cannot be found.

困惑了很长时间，后来发现还可以使用wget命令解决

但是在用wget下载后生成的.sra文件是要我们转成.fastq文件的，在转换文件的时候问题又来了

使用fastq-dump，fasterq-dump还有parallel-fastq-dump都遇到了下面报错（因为这三个都是依赖ncbi的sra-tools，fastq-dump不行其他两个估计也不行），和前面的报错差不多

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Hastur384
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