NCBI使用prefetch下载以及使用fastq-dump将.sra转fastq时遇到的CA证书验证失败的问题

在使用prefetch下载ncbi上的sra数据的时候在Linux服务器上运行下面代码

 prefetch SRR3182418

报错了这种类型的错误

2024-04-15T10:48:20 prefetch.2.8.0 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - mbedtls_ssl_handshake returned -9984 ( X509 - Certificate verification failed, e.g. CRL, CA or signature check failed )
2024-04-15T10:48:20 prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  )
2024-04-15T10:48:20 prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR3182418' cannot be found.

困惑了很长时间，后来发现还可以使用wget命令解决

但是在用wget下载后生成的.sra文件是要我们转成.fastq文件的，在转换文件的时候问题又来了

使用fastq-dump，fasterq-dump还有parallel-fastq-dump都遇到了下面报错（因为这三个都是依赖ncbi的sra-tools，fastq-dump不行其他两个估计也不行），和前面的报错差不多

又回到了prefetch遇到的错误，我检查了好几遍发现也是安装了sratoolkit的，

后面阴差阳错卸载了一次之后我才注意到我的sratoolkit版本是3.0.7，而根据报错里面的prefetch和fastq-dump的版本是2.8.0的，所以问题就出在这里

然后将fastq-dump的版本改成3.0.7的就行了具体大概如下，即在fastq-dump命令的前面加上sratoolkit的路径即可（prefetch同理）

但是还是推荐使用Aspera软件下载数据，不仅速度更快，下载完的数据直接就是fastq格式比较省事