SRA Toolkit简单使用（prefetch和fastq-dump）

工具下载网址：

01. 下载 SRA Toolkit ·ncbi/sra-tools 维基https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

 我下载的是linux 3.0.10版，目前最新版如下：https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz

prefetch使用 

1.prefetch下载单个数据

prefetch SRR547531

2.prefetch批量下载数据
 

prefetch --option-file list.txt --output-directory /your/download/path

list.txt内容如下：

ERR274310  
SRR547531  
SRR548277  
SRR847503  
SRR847504  

运行结果如下：

fastq-dump使用

1.fastq-dump转换sra为fastq格式

fastq-dump SRR547531  --gzip --split-3

--split-3 ：不知道sra是单端还是双端，默认使用

我发现下载的时候是一个文件夹，文件夹里有一个sra数据，转换的时候，直接输入SRR547531即可完成转换，而不用输入SRR547531/SRR547531.sra

结果如下：

2.fastq-dump批量转换

for id in `cat list.txt`
do
fastq-dump  /your/download/path/${id} --gzip --split-3 -O /your/path
done;

附加信息-完整参数

1.prefetch -h

Usage:
  prefetch [options] <SRA accession> [...]
  Download SRA files and their dependencies

  prefetch [options] --cart <kart file>
  Download cart file

  prefetch [options] <URL> --output-file <FILE>
  Download URL to FILE

  prefetch [options] <URL> [...] --output-directory <DIRECTORY>
  Download URL or URL-s to DIRECTORY

  prefetch [options] <SRA file> [...]
  Check SRA file for missed dependencies and download them


Options:
  -T|--type <value>                Specify file type to download. Default: sra 
  -t|--transport <http|fasp|both>  Transport: one of: fasp; http; both 
                                   [default]. (fasp only; http only; first try 
                                   fasp (ascp), use http if cannot download 
                                   using fasp). 
  --location <value>