2019/07/26_OTUs/phylosymbiotic _名词解释

OTU(可执行的分类操作单位)是根据16sDNA测序的遗传距离定义的微生物分类单位,常用于微生物种属鉴定。在微生物多样性研究中,OTU尤为常见。phylosymbiotic则指物种微生物群与其进化历史高度相关,即微生物群落的相似性反映了宿主的进化树结构。可靠分析这一信号需排除或考虑环境因素的影响,可能源于宿主免疫基因与微生物成员间的演化竞争。
摘要由CSDN通过智能技术生成

可执行的分类操作单位,主要是按照16sDNA测序结果计算遗传距离,人为规定遗传距离,然后依此距离区别微生物类群的分类单位,为了形象直观,并有说服力,往往会和已知菌一起做聚类,从而完成微生物的种属归属鉴定。

An operational taxonomic unit (OTU) is an operational definition used to classify groups of closely related individuals.

 For several years, OTUs have been the most commonly used units of microbial diversity, especially when analyzing small subunit 16S or 18S rRNA marker gene sequence datasets. 

phylosymbiotic: In the field of microbiome research, a group of species is said to show a phylosymbiotic signal

Observed OTUs方法是一种用于估计物种丰富度的方法。它通过计算样本中观察到的不同物种的数量来衡量物种的多样性。在Alpha多样性分析中,使用Observed OTUs方法可以得到一个物种丰富度的估计值,即有多少不同的物种存在于样本中。\[1\] 这种方法在微生物组学研究中被广泛使用,特别是在分析细菌群落的多样性时。通过使用Observed OTUs方法,研究人员可以了解样本中存在的不同细菌物种的数量,从而揭示细菌群落的多样性水平。\[3\] 需要注意的是,Observed OTUs方法只提供了物种的数量信息,而没有提供物种的丰度信息。因此,它不能反映不同物种在样本中的相对丰度。为了综合考虑物种数量和丰度两个层面的结果,研究人员常常使用其他指标,如Shannon指数和Chao1指数。\[2\] 总之,Observed OTUs方法是一种用于估计物种丰富度的方法,适用于微生物组学研究中的多样性分析。它可以提供关于样本中存在的不同物种数量的信息,帮助研究人员了解细菌群落的多样性水平。 #### 引用[.reference_title] - *1* [QIIME 2 2020.8 版本更新学习](https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/108419747)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心的我文献阅读了](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/73810572)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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