2019/08/14_用于新基因的生物信息学分析 (转载)

用于新基因的生物信息学分析

 

核酸序列的基本分析
运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因做酶切谱分析。
                            
                             碱基同源性分析
运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析(Translated  query  vs.protien database(blastx))网站如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
参数选择：Translated  query-protein database [blastx]； nr;stander1 
                                 
                                     开放性阅读框（ORF）分析
利用NCBI的ORF Finder程序对基因做开放性阅读框分析，网址如下：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard
                         对蛋白质序列的结构功能域分析
运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对基因的ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。
网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析
参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSM
                Expect：0.01 
        Filter：Low complexity
        Search mode：multiple hits 1－pass
                                           
                                           同源物种分析
用DNAMAN软件将蛋白质序列相关基因序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。
                      
                       蛋白质一级序列的基本分析
运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因 ORF翻译的蛋白的一些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。
                           二级结构和功能分析
信号肽预测
利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。
网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
参数选择：
Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard；
疏水性分析
利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics， SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析
网址如下：
http://us.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl
参数选择：
Hphob. / Kyte & Doolittle
蛋白质溶解能力和PROSITE motif search  的分析
利用美国哥伦比亚大学（Columbia University）的PredictProtein服务器（PHD）对ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式获得蛋白质溶解能力和PROSITE motif search  分析的结果。
网址如下：
http://cubic.bioc.columbia.edu/pp/submit_def.html
磷酸化位点分析
磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测，网址如下：
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
跨膜区分析
蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的TMHMM Server v. 2.0程序进行蛋白序列跨膜区分析。
网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
参数选择：
Extensive with graphics
亚细胞定位
通过WoLF PSORT工具基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点
网址如下：
http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/
参数选择：
Fungi；From Text Area
二硫键分析
运用scratch protein  redictor 对蛋白质的二硫键做出分析。
网址如下：
http://www.ics.uci.edu/~baldig/scratch/index.html 
参数选择：
Dlpro(Disulfide Bonds) 
二级结构预测
运用PBIL LYON-GERLAND信息库对蛋白质序列进行二级结构预测（Secondary structure prediction），主要用Hopfield神经网络（HNN）预测。
网址如下：
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin ... /NPSA/npsa_hnn.html

转载于：http://blog.sina.com.cn/s/blog_44e4137b0102vnom.html