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由于之前的不是基于理解做的,在了解一些基础知识后决定重新做一遍ChIA-PET2的准备工作
本文对ChIA-PET2的前期工作,做了一个梳理,希望可以帮到大家
1、使用conda在虚拟环境安装
首先要理解什么是虚拟环境,一个虚拟化,从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲,虚拟环境就是把一部分内容独立出来,我们把这部分独立出来的东西称作“容器”,在这个容器中,我们可以只安装我们需要的依赖包,各个容器之间互相隔离,互不影响。譬如,本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本,做一个python2.7的虚拟环境,里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。
我在这里使用了conda,创建了虚拟环境。
2、Anaconda创建、激活、退出、删除虚拟环境
①安装python=2.7版本的基础上,创建名为sun的软件安装环境
conda create -n sun python=2.7
查看当前conda环境,可以看到成功建立的sun
conda info --envs
我的操作页面是这样的
②激活/进入conda的sun环境,避免安装软件时安装到大环境
source activate sun