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ChIA-PET2
很酷的女超人
生信研究僧
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ChIA-PET2报错合集
报错原因:没在sun conda环境下跑原创 2021-07-25 09:18:55 · 494 阅读 · 0 评论 -
ChIA-PET2报错系列——第六、七步报错
bwa_wrap hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir3/index-1_2.valid.sam 1Running BWA on trimmed reads ...bwa aln -t 1 hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq > OUTdir3/index-1_2.valid.fastq.sai; bwa samse hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq.sai O原创 2021-06-19 12:00:05 · 201 阅读 · 0 评论 -
二、ChIA-PET2——4、在conda虚拟环境安装ChIA-PET2依赖的软件
首先要理解什么是虚拟环境,一个虚拟化,从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲,虚拟环境就是把一部分内容独立出来,我们把这部分独立出来的东西称作“容器”,在这个容器中,我们可以只安装我们需要的依赖包,各个容器之间互相隔离,互不影响。譬如,本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本,做一个python2.7的虚拟环境,里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。我在这里使用了conda,创建了虚拟环境。......原创 2021-06-09 12:13:45 · 383 阅读 · 0 评论 -
ChIA-PET2报错系列——ChIA-PET2调用不了
Install ChIA-PET2 in /root/bin/ChIA-PET2_0.9.3 ...(base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [ro原创 2021-05-20 21:38:24 · 299 阅读 · 0 评论 -
二、ChIA-PET2——3、输入数据及报错
一、构建bwa的基因组索引文件1、一步到位下载hg19基因组文件wget -c ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg19/ucsc.hg19*放入服务器bwa index [ –p prefix ] [ –a algoType ] <in.db.fasta>#官网提供的命令bwa index -a bwtsw hg19.fa#实际操作最后生成文件:hg19.fa.amb、hg19.fa.ann、hg原创 2021-05-23 20:02:06 · 1022 阅读 · 1 评论 -
二、ChIA-PET2——2、安装R依赖包
一、安装ggplot1、启动R(base) [root@node01 ~]# RR version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical ComputingPlatform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)R是自由软件,不带任何担保。在某些条件下你可以将其自由散布。用'license()'或'licence原创 2021-05-19 21:03:22 · 364 阅读 · 0 评论 -
ChIA-PET2报错系列——第六步报错
[bwa_aln_core] convert to sequence coordinate... 0.41 sec[bwa_aln_core] refine gapped alignments... 0.07 sec[bwa_aln_core] print alignments... 0.09 sec[bwa_aln_core] 33353877 sequences have been processed.[main] Version: 0.7.17-r1188[main] CMD: bwa sa原创 2021-06-08 21:31:08 · 294 阅读 · 0 评论 -
ChIA-PET2报错系列——第四步报错(macs2报错找不到命令)
1、报错:找不到命令[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile[root@node01 fengyongxian]# which python/usr/local/bin/python[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile[root@node01 fengyongxian]# macs2bash: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/mac原创 2021-06-02 21:49:32 · 374 阅读 · 0 评论 -
ChIA-PET2报错系列——第四步报错(ERROR in running Macs2)
[main] Version: 0.7.17-r1188[main] CMD: bwa samse hg19.fa OUTdir12/index-1_1.valid.fastq.sai OUTdir12/index-1_1.valid.fastq[main] Real time: 397.832 sec; CPU: 379.342 secbwa_wrap hg19.fa OUTdir12/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir12/index-1_2.valid.sam 1Ru原创 2021-05-29 08:05:10 · 226 阅读 · 0 评论 -
二、ChIA-PET2——1、安装依赖的环境
1、安装zlib[fengyongxian@node01 ~]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib[fengyongxian@node01 zlib]$ tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz[fengyongxian@node01 zlib]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib/zlib-1.2.11[fengyongxian@node01 zlib-1.2.11]$ ./configure[f原创 2021-05-18 16:05:58 · 598 阅读 · 0 评论