数据原理——1、ChIP-seq

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ChIP-seq（研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法）

1、背景介绍

ChIP-seq测序方法：

• ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）
• seq 指的是二代测序方法（ChIP-seq比ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围）

作用： 识别蛋白质与DNA互相作用情况

原理： 染色质免疫共沉淀 + 二代测序

应用： 常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究

2、测序对象：三种类型组蛋白（组蛋白、转录因子、转录调控子）

①组蛋白与DNA的结合是结构性的，结合强度非常大，分度高，是最容易做的蛋白
②TF直接与DNA结合，有序列特异性，比较短，只有几个bp，TF与DNA的结合牢固度，弱于组蛋白
③转录调控子：不直接和DNA互作，与TF或组蛋白互作，和DNA间接结合在一起，容易在交联剂上脱落（第一步），通常作为大蛋白复合体中的一员起作用，表面抗原容易被蛋白复合体中的其他蛋白组分所阻挡，从而影响抗体的富集（第二步）。

• 交联时间
  • 研究表明；在DNA上的停留时间短于5秒的蛋白质无法用甲醛交联
  • histone：10 min
  • TF：10-30 min
  • cofactor：30 min
  • 不超过30min，防止影响解交联及后续的过程
• 对剪切条件的敏感性
  • histone：low
  • TF：medium
  • cofactor：high

3、测序原理

（1）甲醛交联整个细胞系（组织），即使用甲醛将目标蛋白（组蛋白，转录因子等）与染色质交联固定起来

（2）从细胞裂解液分离基因组DNA，并用超声波将其打断成一定长度的小片段；