用MEME找motif score

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一、处理数据

处理Chip-seq数据，得到fasta数据

1、取Chip-seq片段长度400

由于大多数（40783）分布于0-400bp，于是取起始位点终止位点的中心，左右个200的区间。

1.批处理批量修改文件后缀名（假设我需要把一个文件夹中的很多txt文件改为sql文件）：

1）在需要被处理的文件的文件夹里先新建一个txt文本，然后在文本中写入：

      ren *.txt *.sql

 2）保存文件后关闭，然后将这个文件的后缀名改为.bat

3）双击这个bat文件，ok，这个文件夹中所有的txt文件都变成sql文件了~~

2、得到输入文件（.fa）

取完左右得到bed格式文件（CTmax-B20.200.bed），与fasta匹配（ucsc.hg19.fasta）

bedtools getfasta -fi /Users/sun/Downloads/匹配/参考基因组/ucsc.hg19.fasta -bed CTmax-B20.200.bed -fo /Use