chia-pet2

1、什么是ChIA-PET2？

能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段，形成染色质互作环（chromatin loops）的有效便捷的工具

ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤，包括linker trimming，read alignment，duplicate removal，peak calling和chromatin loop calling

2、流程

3、命令

ChIA-PET2 -g genomeindex -b bedtoolsgenome -f fq1 -r fq2 -A linkerA -B linkerB -o OUTdir -n prefixname

参数说明：

-g bwa的基因组索引文件

-b 为bedtools提供的染色体大小文件（UCSC上下载）

-f，-r 输入的两个fastq（.gz）文件

-A，-B 两个linker序列，默认为GTTGGATAAG 和 GTTGGAATGT

-o 输出目录，默认为output

-n 输出文件的前缀名

Running Step