chia-pet2

最新推荐文章于 2021-07-25 09:18:55 发布

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分类专栏：生信学习笔记文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/viola_/article/details/117226140

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ChIA-PET2是一个用于分析ChIA-PET数据的工具，从原始测序读段开始，形成染色质互作环。它包括linker修剪、读取对齐、重复删除、峰检测和环状结构调用等步骤。用户可以通过指定参数进行运行，例如基因组索引、bedtools染色体大小文件和输入的fastq文件。输出文件包括染色体内和间的环状结构以及经过MICC处理的环状结构，还提供质量控制图表来评估结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1、什么是ChIA-PET2？

能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段，形成染色质互作环（chromatin loops）的有效便捷的工具

ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤，包括linker trimming，read alignment，duplicate removal，peak calling和chromatin loop calling

2、流程

在这里插入图片描述

3、命令

ChIA-PET2 -g genomeindex -b bedtoolsgenome -f fq1 -r fq2 -A linkerA -B linkerB -o OUTdir -n prefixname

参数说明：

-g bwa的基因组索引文件

-b 为bedtools提供的染色体大小文件（UCSC上下载）

-f，-r 输入的两个fastq（.gz）文件

-A，-B 两个linker序列，默认为GTTGGATAAG 和 GTTGGAATGT

-o 输出目录，默认为output

-n 输出文件的前缀名