生物信息中的bin

Seurat 是一个用于单细胞转录组分析的 R 包,AddModuleScore 函数用于计算细胞中特定基因集的模块得分。该函数通过抽取目标基因的平均表达值,并在每个基因所在的 bin 中随机选取背景基因,计算其平均值,进而得到目标基因集相对于背景的得分。这个得分可以帮助研究人员识别细胞群中的潜在生物学信号。
摘要由CSDN通过智能技术生成

bin:可以理解为参考基因组上的某段区间,用于将整条染色体切割成不同的区间,然后统计每个区间的数据信息。通常表示为染色体号,起始点,终止点。通常可以认为是窗口的意思。

举例:Seurat中AddModuleScore()函数的详细解释是:
将我们感兴趣的基因,抽出来,每个细胞算一下这些基因表达的平均值,背景基因的平均值就是找每个基因所在的bin,在该bin内随机抽取ctrl个基因作为背景,最后将得到的目标基因的平均值,背景基因的平均值两者相减就是每个细胞此基因集对应的score值。

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