2020.9.2丨遗传图谱产品类型

• 建库测序分析
  • 重测序遗传图谱
    • 分析流程
      • 流程图

        

    • 重测序图谱划bin原理
      • 概念
        • 把在所有个体中均没有发生 重组的SNP划分到一个区块中，然后以该区块作为一个标记进行图谱构建 分析，极大的简轻了分析的工作量。
      • 划bin过程
        • Step1：根据SNP分型，确定每个样品染色体区段的亲本来源；
        • Step2：当出现亲本来源改变，则改变发生的地方为重组断点，每条 染色体上断点之间为一个block；
        • Step3：将所有样品的染色体进行线性比较，以每个重组断点为界将 所有样品的染色体划分为若干个区域，每个区域即为bin。 
      • 特点
        • 所有个体在bin内均没有重组发生。
        • bin的长度在几十kb到1-2Mb，所以无论开发的SNP有多少，在一定的群 体规模下，上图的bin数目变化不大。
    • 测序方案及送样要求
      • 测序方案

        

      • 送样要求
        • DNA样品 浓度：≥30ng/µl 总量：≥2µg 纯度：OD260/280=1.7-2.2 电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。
        • 组织样品 植物：1g新鲜叶片 动物：新鲜肌肉、肝脏组织0.5-1g，血液1.5m
    • 成功案例
      • 水稻亚种基因组测序与重组群体遗传分析揭示地域性产量 与质量相关的遗传位点 发表期刊：BMC Biology 影响因子：6.72（2018） 合作单位：沈阳农业大学水稻研究所
  • SLAF遗传图谱
    • 分析流程
      • 流程图

        

    • 预实验
      • 在正式进行SLAF建库测序前，需对待测物种的基因组进行酶切位点序列分析，并给出多种酶切组合方案供选，以完成合同签订的标签数目。 然后以酶切方案对小部分样品进行实际分子实验、测序、分析，并根据最终的分析的结果，确定最优的方案
      • 电子预实验
        • 根据序列数目确定获得多少slaf片段
      • 分子实验
      • 无参物种如何做电子酶切？
        • a. 近缘物种基因组;
        • b. 基因组的GC含量、重复序列相似的物种
      • 什么情况下需做预实验？
        • a. 没做过的物种;
        • b. 做过的物种，但没做过的标签数
      •  预实验怎么做？
        • a. 电子酶切选择3种符合合同标签数的酶切组合（可能是单酶切或者双酶切）
        • b. 选择2个亲本和5个子代进行SLAF建库+测序+分析（3种酶切方案均做）
        • c. 选择1种最优方案，该方案能够保证达到合同标签数，能够尽量保证分子标记开发的密度均匀。
    • SLAF标签开发
      • 有参物种分析：将测序reads比对到参考基因组上，双端比对到同一个位置的reads视为同一个SLAF标签
    • 测序方案及送样要求
      • 测序方案

        

      • 送样要求
        • DNA样品 浓度：≥20ng/µl 总量：≥2µg 纯度：OD260/280=1.7-2.2 电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解
        • 组织样品 植物：0.5-1g新鲜叶片 动物：新鲜肌肉、肝脏组织0.25-0.5g，血液1.5ml
    • 成功案例
      • 黄瓜持绿基因突变使其产生长久的广谱抗病性
  • 转录组遗传图谱
    • 分析流程

      

      • 流程图

        

    • 测序方案及送样要求
      • 测序方案
        • 亲本数据量6G
        • 子代数据量4G
      • 送样要求
        • RNA样品 浓度：≥50ng/µl 总量：≥3µg 纯度：OD260/280≥1.8，OD260/230 ≥0.5 RNA完整性：动物RIN≥7.0；植物RIN≥6.5；28S/18S≥1.0；图谱基线无上 抬；5S峰正常。 
        • 组织样品 普通样品0.6g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送。
    • 成功案例
      • RNA遗传图谱定位甜瓜果实品质相关基因
• 纯分析
  • 原始数据的从头分析
  • SNP数据
  • 已分型数据
• 总结表
  • 黄色重点