连锁不平衡以及连锁不平衡衰减

最新推荐文章于 2024-07-10 14:26:56 发布
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分类专栏： 学习资源 文章标签： 生物信息
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连锁不平衡粗俗的说就是：这几个基因耍流氓，喜欢抱团遗传，不再随机。而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。

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hyena_7
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专栏目录
连锁不平衡及基因组关联分析（植物相关）
DHeeeeer的博客
07-13 2036
连锁不平衡及基因组关联分析（植物相关）
全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡
muhamuha2020的博客
10-29 5016
连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。 图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块 1、LD的概念 当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个座位处于连锁不平衡状态。 2、LD
连锁不平衡及LD decay analysis
SUN5_The_answer的博客
11-18 2508
连锁不平衡
群体遗传分析—LD连锁不平衡
白雪
03-13 5726
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减及单体型block图，如果你还不是很了解的话，是时候补补课了哦～～ LD概念 当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibrium）。 LD计算方法 D 是 LD（连锁不平衡） 的基本单位，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频.
连锁不平衡：linkage disequilibrium
庐州月光的博客
06-22 5277
欢迎关注"生信修炼手册"！连锁不平衡指的是在某一群体中，两个基因同时遗传的频率大于随机组合的频率。下面通过一个例子来说明。基因A的两个allel 分别用A和a 表示，基因...
PopLDdecay画连锁不平衡LD学习笔记，1.5版本
2302_79242191的博客
09-23 1538
注意，我是在PopLDdecay文件夹，bin下面创建的新的文件，所以后面一步要切出磁盘，其次，别人教程里面是list文件，我的是txt，比较方便直接在我们新建的文件里面建文本。在你新建的文件夹下面，可以直接创建一个Pop.txt，包含两列，第一列为LD decay文件的路径，第二列为亚群的图例。类似这样的，可以按照教程的vim。画图，可以需要在PopLDdecay文件下直接创建文件夹，可以去看看的教程，这里说一下我怎么操作的。但是这个我解压不了，不过你们可以试试。网上有比较详细的教程，直接搜索。
探索遗传密码的奥秘：PopLDdecay，揭示连锁不平衡衰退的力量
gitblog_00021的博客
06-03 465
探索遗传密码的奥秘：PopLDdecay，揭示连锁不平衡衰退的力量 PopLDdecayPopLDdecay: a fast and effective tool for linkage disequilibrium decay analysis based on variant call format(VCF) files项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/...
【基于R语言群体遗传学】-16-中性检验Tajima‘s D及连锁不平衡 linkage disequilibrium (LD)
qq_51566832的博客
07-10 1460
中性检验Tajima's D及连锁不平衡 linkage disequilibrium (LD)
LD不能用了
perfectnihil的博客
11-08 214
LD不能用了。。。以后怎么学习？！！！！！ aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa ===============================================
LD衰减图解读（LD decay）
热门推荐
hs6605015的博客
07-19 1万+
1.基础概念的解读 要理解LD衰减图，我们就必须先理解连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD）的概念。连锁不平衡是由两个名词构成，连锁+不平衡。前者，很容易让我们产生概念混淆；后者，让这个概念变得愈加晦涩。因此从一个类似的概念入手，大家可能更容易理解LD的概念，那就是基因的共表达。 基因的共表达，通常指的是两个基因的表达量呈现相关性。比较常见的例子就是：转录组因子和靶基因间的关系。因为转录因子对它的靶基因有正调控作用，所以转录因子的表达量提高会导致靶基因的表达量也上调，两者往往存在正
关联分析LD计算的问题
samhuairen的专栏
01-25 1万+
说道关联分析，就要谈到连锁不平衡，连锁不平衡的衰减。 那么什么就是LD的衰减呢， 简单的说就是群体在经历了几百年或是更多年的历史重组之后在基因组上形成的重组块（block). 这些block 紧密的排列在基因组染色体的位置上。 有的地方block 比较大， 有的地方block比较小。 这个大小的意思就是延伸的长还是短。平均的延伸的长度决定了我们定位基因的精度。 延伸的越短，定位的精度越高。 延伸的
【群体遗传学】 notes
GeekFocus
02-23 764
随着遗传学的进步，对正选择的概念也有了更深的理解。②单向式选择：发生在环境条件朝一定方向变化的情况下，某一极端的个体被保存，另一极端的个体被淘汰，使种群中某等位基因频率逐代增加，而相对的等位基因频率则逐代减少，结果整个群体朝着一定方向变化。3)值得注意的是，基因漂变对于种群非常小的物种的基因型的频率的影响是很大的。基因漂移（genetic drift）实际上就是由于时间的变化和特定的随机事件，一个生物族群的某个特定的等位基因的频率（frequency）相较于其他族群的特定的等位基因的频率产生的变化。
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天气图绘制的相关nc数据与shp ①绘制中国地图的shp，省界国界 https://docs.gmt-china.org/latest/dataset-CN/CN-border/ ②500hpa、1000hpa（地面）天气图的相关数据 高度层：https://cds-beta.climate.copernicus.eu/datasets/reanalysis-era5-pressure-levels?tab=download 地表：https://cds-beta.climate.copernicus.eu/datasets/reanalysis-era5-single-levels?tab=overview
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Django whl安装包，可以直接pip install安装即可，不再下载网络超时
不规则分层地层中电磁波传播衰减特性分析
这些公式揭示了电磁波在不同倾斜地层中的传播规律，以及由此导致的衰减差异。研究表明，地层的不规则性和电磁波进入地层的顺序都会显著影响其传输衰减。 电场强度和磁场强度在随透地距离增加时都会显著衰减，但两者...
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