Unifrac PCoA分析
UniFrac分析利用各样品序列间的进化信息来比较环境样品在特定的进化谱系中是否有显著的微生物群落差异。UniFrac 可用于beta 多样性的评估分析,即对样品两两之间进行比较分析,得到样品间的unifrac距离矩阵。Unifrac 分析得到的距离矩阵可用于多种分析方法,可通过多变量统计学方法PCoA 分析,直观显示不同环境样品中微生物进化上的相似性及差异性。
如何不使用R做Unifrac PCoA分析?
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(www.cloudtutu.com,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录;
③登录后在全部工具那一栏找到Unifrac PCoA分析,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~
Step 1 上传数据
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等)和一个otu序列表(fasta文件);
b)丰度文件表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、基因ID等等;
c)请提交txt(制