在线作图丨数据降维方法①——主成分分析PCA

最新推荐文章于 2024-08-26 21:39:13 发布
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分类专栏： 在线科研绘图 文章标签： 大数据 数据分析 机器学习
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本文介绍了主成分分析（PCA）的基本原理及其与PCoA的区别，并提供了如何在云图图（cloudtutu.com）网站上免费生成PCA图的详细步骤，包括数据上传、参数设置及下载处理。
摘要由CSDN通过智能技术生成

PCA是什么？

主成分分析算法（PCA）是最常用的线性降维方法，它的目标是通过某种线性投影，将高维的数据映射到低维的空间中，并期望在所投影的维度上数据的信息量最大（方差最大），以此使用较少的数据维度，同时保留住较多的原数据点的特性。PCA降维的目的，就是为了在尽量保证“信息量不丢失”的情况下，对原始特征进行降维，也就是尽可能将原始特征往具有最大投影信息量的维度上进行投影。将原特征投影到这些维度上，使降维后信息量损失最小。

PCA和PCoA的区别

PCoA(Principal Co-ordinates Analysis)分析即主坐标分析，可呈现研究数据相似性或差异性的可视化坐标，是一种非约束性的数据降维分析方法，可用来研究样本群落组成的相似性或相异性。它与PCA类似，通过一系列的特征值和特征向量进行排序后，选择主要排在前几位的特征值，找到距离矩阵中最主要的坐标，结果是数据矩阵的一个旋转，它没有改变样本点之间的相互位置关系，只是改变了坐标系统。两者的区别为PCA是基于样本的相似系数矩阵(如欧式距离)来寻找主成分，而PCoA是基于距离矩阵(欧式距离以外的其他距离)来寻找主坐标。

如何不使用R语言在线生成一个PCA图？

小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（www.cloudtutu.com，免费的哦~），操作步骤如下：

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【机器学习】之 主成分分析PCA
weixin_32691193的博客
06-26 602
利用 wine.data葡萄酒数据集进行PCA分析
【Python】Matplotlib 可视化进阶之PCA主成分分布图
fengdu78的博客
05-02 2342
这乍是一个简单的散点图，有两个主轴，显示一些高斯数据。并且在图中添加了一个垂直于第一个主成分轴的直方图，以显示主成份轴上的分布。这个图可能看起来很简单(散点图和有方向的直方图)，其实不然，绘制这样的图也比较困难。主要的困难是要使直方图处于正确的位置、大小和方向，位置必须在数据坐标中设置，大小必须在图形标准化坐标中给出，方向必须在角度中给出。更复杂的是，我们想要用数据点来表...
云平台教程 | 手把手教你主成分分析PCA的可视化
Igenebook的博客
07-08 1068
PCA（主成分分析）是一种广泛使用的数据降维技术，它在多个领域都有重要的意义和应用，用于从数据集中提取最重要的特征。它通过正交线性变换将数据从原始空间转换到新的空间，这个新空间由几个主成分组成，这些主成分在新的空间中具有最大的方差。在基因组学中，PCA可以用于分析大规模的基因组数据，帮助识别与疾病相关的基因。尽管中心化可以减少均值的影响，但在某些情况下，你可能还需要对数据进行标准化，即将每个变量的标准差设为1。等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。
ggbiplot | 带箭头的主成分分析(PCA)图绘制
weixin_45822007的博客
09-02 4945
ggbiplot本期素材来源还是上期NC中的图，因为图比较一般，就不放在CNS绘图系列了，简单介绍一下ggbiplot 的用法即可。PCA❝「Title：」Molecular determinants of response to PD-L1 blockade across tumor types「DOI：」https://doi.org/10.1038/s41467-021-24112-w❞绘制...
Principal components analysis(PCA) 主成分分析
白辰甲
02-19 2733
本文主要参考资料： CS229 lecture notes by Andrew Ng UFLDL主成分分析 by Andrew Ng 《机器学习实战》第13章“使用PCA来简化数据” 1. 运用背景在机器学习中，PCA是一种常用的方法。其目的是将 nn 维的原始数据近似的用 kk 维来表示，而且近似表示后对数据的损失尽可能的小。我们可以假设原始的 nn 维数据 x(i)x^{
PCA分析及CNS级别作图
qq_42090739的博客
12-22 1751
从这节开始，就逐渐涉及转录组的基本可视化了，我们的可视化要做到CNS级别的图，争取做好分析，一步到位，让您有真正的收获！ PCA（主成分分析），具体的原理就不说了，自行百度。简单理解，PCA就是降维，将多维数据在2为平面理解和可视化。在转录组中的作用则是可以看出样本组间是否有差异，或者样本的一致性。组间差异大则两组分的开，反之则是差别不是很大。 示例数据用上节下载的GSE125424芯片数据表达矩阵，读入数据，并对数据进行初步的处理。 setwd("F:/生物信息学") A <- ...
在线作图丨数据降维方法②——主坐标分析PCoA
weifanbio的博客
07-14 5917
什么是PCoA？ 主坐标分析（principal co-ordinates analysis，PCoA）呈现研究数据相似性或差异性的可视化坐标，是一种非约束性的数据降维分析方法，可用来研究样本群落组成的相似性或相异性。PCoA以样本距离为整体考虑，更符合生态学数据特征，在微生物分析领域应用也更为广泛。 ​ PCoA和PCA的区别 与PCA类似，通过一系列的特征值和特征向量进行排序后，选择主要排在前几位的特征值，找到距离矩阵中最主要的坐标，图片是数据矩阵的一个降维投影，它没有改变样本点之间的相互位置关系，只是
在线作图丨数据降维方法⑥——消除趋势对应分析(Detrended correspondence analysis, DCA)
weifanbio的博客
07-26 4951
Question 1: What is DCA? 想要理解DCA（Detrended correspondence analysis, 消除趋势对应分析），首先要理解CA（Correspondence analysis，对应分析）。就群落排序而言，对应分析比主成分分析（PCA）更好，更稳健，但是在处理长生态梯度时存在缺陷或者“错误”，这些问题可以通过消除趋势的对应分析（Detrended Correspondence Analysis, DCA）处理。由于在对应分析（Correspondence analy
在线作图丨数据降维方法③——正交偏最小二乘方判别分析（OPLS-DA）
weifanbio的博客
07-19 9443
​Question1：什么是PLS-DA？ 与PCA不同，PLS是“有监督”模式的偏最小二乘法分析，也就是在分析数据时，已知样本的分组关系，这样可以更好的选择区分各组的特征变量，确定样本之间的关系。DA是判别分析，PLS-DA用偏最小二乘回归的方法，在对数据“降维”的同时，建立了回归模型，并对回归结果进行判别分析。 OPLS-DA是在PLS-DA的基础上，进行了正交变换的矫正，可以滤除与分类信息无关的噪音，提高了模型的解析能力和有效性。 Question2：什么是OPLS-DA？ OPLS是一种多因变量对多
画出降维后的图片_PCA降维原理
weixin_33781129的博客
12-31 1523
PCA原理简介为什么要用PCA?维基百科介绍：主成分分析(英语：Principal components analysis，PCA)是一种分析、简化数据集的技术。主成分分析经常用于减少数据集的维数，同时保持数据集中的对方差贡献最大的特征。说了和没说一样……我们还是通过一个简单的案例引出PCA的作用吧。如果我们在6个小鼠样本中检测一个基因Gene1的表达我们很容易看出来，基因Gene1在小鼠1-3中...
PCA主成分分析
code__online的博客
06-01 515
1. 背景 在研究多变量的数据时，变量太多不仅导致数据的复杂性，而且不同的变量之间可能存在一定的相关关系，即两个变量之间的信息有一定的重叠，这无疑为分析问题增加了难度。为了提取数据中的主要信息成分，提出了一个新的降维方法PCA。主成分分析（Principal Component Analysis，简称PCA）是最常用的一种降维方法。它是将原先提出的所有变量中关系紧密的变量删除，建立尽可能少的新变量...
PCA——主成分分析
https://www.cnblogs.com/qizhou/
05-25 170
　　PCA（Principal Components Analysis）是一个简单的机器学习算法，用于对矩阵的有损压缩。即缩小矩阵列向量的维度，并尽量减少精度的损失，以减小存储空间。当然，现在的硬盘已经足够大，根本不需要这样的有损压缩来减小存储容量了。它主要用于训练数据的降维、数据中噪点的去除等。因此是一个很有用的算法。下面把压缩称作编码，解压缩称作解码。 　　首先定义矩阵$X\in R...
pca主成分分析_代谢组学——主成分分析（PCA）
weixin_39633113的博客
11-27 2679
在上一篇文章中，我汇总了大佬们写的关于代谢组学的一些基础知识，让大家对代谢组学有了一个整体性的认识。这次给大家分享的是一些如何对数据进行可视化的文章。Principal Component Analysis （主成分分析）很多同学在网上搜的时候，会发现大多数关于主成分分析的文章都是给你从数学理论方面推导来说明什么是PCA，而像我这种数学小白，表示数学公式都看不懂，直到看到一个不存在的网站上关于PC...
主成分分析（PCA）附Python实现
最新发布
qq_65799630的博客
08-26 1240
主成分分析方法（Principal Component Analysis，PCA）是一种常用的数据分析方法。PCA 通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示，将多个变量压缩为少数几个综合指标（称为主成分），是一种使用最广泛的数据降维算法。
Matlab对多光谱实现PCA降维操作
never_moreee的博客
07-18 1311
以某数据集为例： P=load('PaviaU.mat'); [m,n,band]=size(P.paviaU); ReshapedP=reshape(P.paviaU,m*n,band); [coeff,score,latent,tsquared] = pca(ReshapedP); percent=cumsum(latent)./sum(latent); disp(percent); feature_after_PCA=score(:,1:3); RES=reshape(feature_after_PC
python主成分分析_Python机器学习笔记：主成分分析（PCA）算法
weixin_39570530的博客
11-28 1647
一：引入问题首先看一个表格，下表是某些学生的语文，数学，物理，化学成绩统计：首先，假设这些科目成绩不相关，也就是说某一科目考多少分与其他科目没有关系，那么如何判断三个学生的优秀程度呢？首先我们一眼就能看出来，数学，物理，化学这三门课的成绩构成了这组数据的主成分（很显然，数学作为第一主成分，因为数据成绩拉的最开）。那么为什么我们能一眼看出来呢？当然是我们的坐标轴选对了！！下面，我们继续看一个表格，下...
【机器学习】PCA（主成分分析）（二）
mjiansun的专栏
08-26 514
（Principal Component Analysis）是常用的数据分析方法。PCA是通过线性变换，将原始数据变换为一组各维度线性无关的数据表示方法，可用于提取数据的主要特征分量，常用于高维数据的降维。
PCA（主成分分析）原理详解与python实现
litt1e的博客
01-14 4042
PCA是一种数据降维的方法。当我们在处理一些高维且冗余数据时，可以使用PCA对数据进行降维，去除冗余信息，提高运行速度。如上图所示，左边3D图像，存在大量冗余数据，我们把这样的数据转移到2D可以更加清晰的观察数据本身，同时降低计算复杂度。 1.PCA原理详解 如果我们要对上图二维空间的特征点做特征降维，那怎样的降维结果对我们来说是好的呢？其实，二维特征降维就是找坐标系投影，如图可以看到红色箭头与黄色箭头两个坐标轴。如果我们将特征映射到黄色轴，二维特征点将会大量重叠在黄色轴上，损失大量原始信息是我们不想见.
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