SplAdder
01 软件介绍
用于检测和定量RNA-Seq数据中可变剪接事件的工具;简而言之,该软件以标准格式获取给定的批注和RNA-Seq读取比对,将批注转换为可变剪切图表示形式,使用从读取的数据中提取的其他信息来增强可变剪切图,从图上提取可变剪接事件并量化基于对齐数据的事件。然后可以将量化的事件用于差异分析。
可变剪切(alternative splicing,AS)是指转录形成的前体RNA通过去除内含子、保留外显子形成mature RNA的过程,从而实现一个基因同时编码多种蛋白质,实现生物功能多样性。
安装
1)通过安装pip :pip install spladder
2)从源安装:克隆此存储库 在SplAdder根目录中,运行make install
02 默认参数
至少需要三个参数:注释文件、比对文件、输出文件
spladder build -o output_directory -b bam_file -a annotation_file
默认配置运行 SplAdder,包括以下步骤:
1)将注解转化为可变剪切图表示
2)通过推断和添加以下元素,为每个比对文件生成一个增强可变剪切图:
插入内含子保留
插入盒式外显子
插入新的内含子边缘
3)将增广可变剪切图合并为一个普通可变剪切图
4)提取以下可选拼接事件:
外显子跳跃;
内含子保留;
替代 3’/5’ 剪接位点;
多外显子跳过;
互斥外显