TransDecoder

最新推荐文章于 2024-05-27 09:48:20 发布

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文章标签： TransDecoder

本文链接：https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/122166722

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TransDecoder是一款用于识别转录本序列中潜在编码区的工具，尤其适用于Trinity、Tophat+Cufflinks组装的转录本。它基于ORF长度、对数似然分数等标准进行预测，并能与Pfam域库进行比对。软件提供安装、使用及输出文件的详细步骤，包括提取ORF、预测编码区和生成各种格式的注释文件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

TransDecoder

TransDecoder识别转录本序列中的候选编码区，例如使用 Trinity 从头 RNA-Seq 转录本组装生成的编码区，或使用 Tophat 和 Cufflinks 基于与基因组的 RNA-Seq 比对构建的编码区。

TransDecoder 基于以下标准识别可能的编码序列：
1.在转录本序列中需要能够找到一个（满足）最小（限定）长度的ORF;
2.对数似然数得分大于0。（与GeneID软件计算得到的得分相类似）;
3.第一阅读框的对数似然数打分同其它5个阅读框比较为最大值时;
4.如果候选的ORF完全被包含在其它候选ORF的框架内，那么报告最长的ORF。否则，一个单独的转录本会得到多个ORF的报告。（考虑到有操纵子、嵌合体等情况）;
5.作为可选项，预测出的多肽在Pfam domain库中存在比对分值高于得分阈值之上的。
6.该软件主要由Broad Institute的Brian Haas和Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation的Alexie Papanicolaou维护。它被整合在其它相关的软件中：Trinity，PASA，EVidenceModeler和Trinotate。

TransDecoder相关使用方法来啦!!!

一、软件安装

直接从https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/releases下载最新版的TransDecoder

二、软件使用

TransDecoder通过运行一个包含目的转录本序列的fasta文件来实现功能。简单的用法如下：