Nature同款富集分析结果条形图叠加基因

导读：

Nature同款、高颜值富集分析结果条形图，将富集名字标注在条形上，并在条形的下面添加一行基因名。既能节省空间，又能展示更多维度的信息。

Nature文章《CHIT1-positive microglia drive motor neuron ageing in the primate spinal cord》中的富集结果条形图。该图展示了猴脊髓单核测序结果中，小胶质细胞2（microglia 2）和小胶质细胞3（microglia 3）的top50 marker基因的GO富集分析结果。X轴表示-log10(p)，Y轴表示富集条目，蓝色表示小胶质细胞2的富集结果，红色表示小胶质细胞3的富集结果。条形的长度对应-log10(p)。此图创新性地在条形的下面展示了每个条目中包含的基因。颜色，布局，创意等，都值得我们学习和借鉴。

用简单的图，直观地展示结果，让读者一眼就能看出作者要表达的意思，大道至简。

1，打开作图URL

微生信-GO,Pthway富集分析条形图加基因

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据是常规的富集分析结果，包括4列：

第1列：分组，表示富集结果的来源。例如BP/CC/MF/KEGG，或者不同的比较，不同的细胞群等

第2列：term名。如果名字过长，会影响图片美观度，此时建议简写或者缩写

第3列：pvalue，或者FDR，p.adj等，不能为0

第4列：/分割的基因。结果图中替换成了逗号分割

3，输入检查

注意：输入数据应当根据第1列分组，分块按照p值从小到大排序后，再作图。例如BP的放一块，CC的放一块。不要BP中间插个CC。

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4，选择参数

图片大小：图片宽度，图片高度

条形高度：水平颜色条的高度

X轴刻度字体大小：控制X轴上数字刻度的字体

轴说明文字字体大小：控制X轴-log10(p)和Y轴不同分组的字体

Term文字字体大小：控制颜色条上标注的Term的文字字体

条形下方基因字体大小：控制条形下面基因名的字体，默认为斜体

颜色：设置了6种颜色（最多可以绘制6组富集结果），按照数据中第一列的顺序指定颜色。颜色覆盖了条形的颜色，基因名的颜色，以及Y轴组名的颜色。

是否在条形下方添加基因选项：选择添加则如例图所示，选择不添加则仅显示条形，不显示基因名。

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以使用acrobat illustrator编辑生成的pdf或者svg图片

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上呈现富集结果图片。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整字体等操作，以满足论文要求。

不带基因名的示例如下

提示：在实际绘图中，需要根据富集条目的多少，调整图片的高度，条形的高度，以及term文字字体大小，基因名字体大小等，避免基因名和条形重叠、挤压，以获得更加完美的结果图片。

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