在线绘制带VIP维度的代谢组学火山图

余丁，微生信

于 2024-08-27 15:04:03 发布

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文章标签：科研绘图数据可视化论文发表论文插图火山图科普代谢组

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导读：

代谢组学火山图是在常规火山图的基础上，以点的大小表示PLSDA或者OPLSD模型的VIP值。以展示实验组 vs 对照组的差异代谢物。

Journal of Translational Medicine文章《Metabolomics combined with network pharmacology reveals a role for astragaloside IV in inhibiting enterovirus 71 replication via PI3K-AKT signaling》fig 4中的火山图展示了EV71组和对照组间的差异代谢物水平。图中X轴表示log2FoldChange，Y轴表示-log10(P-value)。点表示代谢物，点大小表示来自OPLS-DA模型的VIP值。以VIP>=1，p<0.05为阈值筛选差异代谢物，红色点表示上调代谢物，蓝色点表示下调代谢物，灰色点表示不显著。

代谢组学简介

代谢组学（Metabolomics）通过对不同生物体、细胞或组织中所有代谢物进行定性和定量分析，来寻找代谢物与生理病理、表型动态变化规律的关系。其研究对象主要是分子量<1500 Da的小分子物质，包括糖类、氨基酸、有机酸、胆汁酸、脂质、维生素等。

代谢组学可以分为非靶向代谢组学（Untargeted Metabolomics）和靶向代谢组学（Targeted Metabolomics）两种。非靶向代谢组学无偏向性地对所有小分子代谢物进行检测分析，而靶向代谢组学则针对指定列表的代谢产物进行分析，特别针对一种或几种途径的代谢产物。

在技术层面，代谢组学主要使用核磁共振波谱（NMR）、气相色谱-质谱（GC-MS）和液相色谱-质谱（LC-MS）等高通量、高分辨、高灵敏度的谱学技术进行分析。

代谢组学的应用非常广泛，包括遗传疾病分析、营养成分分析、临床样品分析、耐药性分析等。

代谢组学的发展对于理解生命过程中的代谢变化至关重要，它弥补了基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的不足，尤其是在反映机体系统的生理和病理状态方面具有独特的优势。

VIP简介

在代谢组PLS-DA（Partial Least Squares Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）中，VIP（Variable Importance in Projection）是一种衡量代谢物对区分不同组别的重要性的指标，即区分实验组和对照组的贡献大小。代谢物的VIP值越高，表明此代谢物在模型构建中越重要，越能用来区分不同组别。通过分析VIP值，可以识别对分类或预测最有用的代谢物，简化模型并提高其解释力。在实际应用中，通常以VIP值大于1.0作为筛选标准，辅助标志代谢物的筛选。

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微生信-在线绘制带vip的代谢火山图