linux fastQC 操作命令,10 月 17 日 Linux Fastqc 软件安装

其实对于小白来说，光光看懂原理和会实际操作时远远不一样的，当面对网上琳琅满目的操作教程和自己很慢的电脑，退却之心油然而起。

可以参考这篇：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723

所以记录这些问题，一定要越细越好

1 首先，我的电脑是MAC 那么就要安装Llinux 虚拟机 我个人觉得 PD 比 VM要好 运行起来更加流畅

2 下载 ubuntu 的镜像 然后安装好

3  用 sudo -i 切换到root 模式

4 apt  install fastqc

OK 软件安装就是这么简单的结束了，当然还有很多其他的安装方式，比如源码下载，编译，MAC上的话用homebrew.

接下来就是使用了

1 首先，先将3个G的测序原始文件拷到linux desktop

2 然后有两种打开方式，一种是在命令行的模式下，一种是直接输入fastqc 跳出图形界面，然后把测序文件放进去就可以了

3 然后我就遇到问题了：

Approx 80% complete for yc310_S1_L001_R1_001.fastq.gzApprox 85% complete for yc310_S1_L001_R1_001.fastq.gzApprox 90% complete for yc310_S1_L001_R1_001.fastq.gzApprox 95% complete for yc310_S1_L001_R1_001.fastq.gzAnalysis complete for yc310_S1_L001_R1_001.fastq.gzFailed to process file yc310_S1_L001_R1_001.fastq.gzjava.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config dataat uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.(HTMLReportArchive.java:84)

at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)

at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)

at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)

这里有几篇文章说明如何解决的，但是我后来直接从官网下载了压缩包。然后解压就可以使用了，如果要在所有目录打开，要加入路径

http://www.bubuko.com/infodetail-2086082.html

http://cache.baiducontent.com/c?m=9f65cb4a8c8507ed4fece763105392230e54f733678a91532c94d25f93130601127ba1a62721130fd9c1617344f2090ae5a46533714071a09bb9cf1a9ae7d46f388856682d0b86304b8452b8cb3774927ece0dbfb81996efa12592dec5d4ab4352ba125239c7a7d70b57&p=9270c716d9c11cff57ee957c5b4e8e&newp=8b2a9759c5845ff608e2977f0f4f96231610db2151d7d7166b82c825d7331b001c3bbfb423241500d1c2786503ad4c56effb3476300723a3dda5c91d9fb4c574799434736e45&user=baidu&fm=sc&query=fastqc+ubuntu+NO+key+called+gc%5Fsequence&qid=f832a54f00008d86&p1=3

http://cache.baiducontent.com/c?m=9d78d513d99712ee1eaec5690d6790365e08c6242bd7a14922c39339ca3310564717b2e8797c4752c4c50d3250b8482cfdf74265367361e0d88fdf168cec866f6fd6286e365ac45613a004b28e0360d620e70ab2f258a1e9b07384aea58e9f014e884e057b85f48c5c1d&p=927dc54ad5c343e60be29621484cbb&newp=99769a478d8c05f800bd9b7d0d1480231610db2151d7d201298ffe0cc4241a1a1a3aecbf21271603d4c377660aaa435ceff03176360234f1f689df08d2ecce7e74c7636328&user=baidu&fm=sc&query=fastqc+ubuntu+NO+key+called+gc%5Fsequence&qid=f832a54f00008d86&p1=2

http://cache.baiducontent.com/c?m=9d78d513d99712ee1eaec5690d6790365e08c6242bd7a14922c39339ca3310564717b2e8797c4752c4c50d3250b8482cfdf74265367361e0d88fdf168cec866f6fd6286e365ac45613a004b28e0360d620e70ab2f258a1e9b07384aea58e9f014e884e06708bf08f591d&p=8a769a47caaf01f208e2977d0b4091&newp=8c7bf915d9c042a91ead8a2d021498231610db2151d6d7156b82c825d7331b001c3bbfb423241500d9c77d6603ae4d5ceaf73374350923a3dda5c91d9fb4c57479ce672a&user=baidu&fm=sc&query=fastqc+ubuntu+NO+key+called+gc%5Fsequence&qid=f832a54f00008d86&p1=1

百度快照，因为这个网站进去太慢了

好像主要是因为新的版本有bug 所以最好不要用apt 下载的那个在下列网站上下载对应的fastqc压缩包：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

unzip fastqc.zip

解压缩后生成了一个名为：fastqc的文件

在桌面可以看到里面有一个fastqc执行文件，

chmod 755 fastqc(更改fastqc的权限设置)  ./fastqc即可运行fastqc程序。如想要在任何目录下运行fastqc程序，则需将fastqc程序的路径添加至环境变量.bashrc中即可。