for input string: 5 _使用R语言绘制string蛋白互作图

最新推荐文章于 2023-02-28 08:58:15 发布

靳晓楠

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文章标签： for input string: 5

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_32392867/article/details/112070141

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本文介绍了如何利用R语言中的STRINGdb包访问STRING数据库，展示如何绘制蛋白质-蛋白质相互作用图，并提到了虽然可以使用iGraph包绘图，但推荐结合cytoscape软件以获得更强大的功能。

摘要由CSDN通过智能技术生成

STRING（https://www.string-db.org）是已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。交互包括直接（物理）关联和间接（功能）关联。数据库包含来自众多来源的信息，包括实验资料库，计算预测方法和公共文本集。每次互动都与组合的置信度相关综合各种证据的分数。目前，涵盖了来自5090的超过24百万种蛋白质生物。STRING数据库可用于在基因列表中添加含义。STRINGdb R软件包，以方便用户访问STRING中的数据库。在本指南中，以示例说明了该软件包的大多数功能。此外，iGraph包作为代表蛋白质-蛋白质相互作用网络的数据结构。

首先，首先知道所拥有生物的NCBI分类标准标识符（例如，人类使用9606，小鼠使用10090）。如果不知道，可以搜索NCBI分类法（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy）或开始查看。因此，如果物种不是人类，则可以在STRING网页的“有机体”部分（https://string-db.org/cgi/input.pl?input）下找到该物种及其分类学标识符页面有效表格=生物）或在STRING网站的下载部分下载完整列表。

加载包

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# if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) 
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