for input string: 5 _使用R语言绘制string蛋白互作图

STRING(https://www.string-db.org)是已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。交互包括直接(物理)关联和间接(功能)关联。数据库包含来自众多来源的信息,包括实验资料库,计算预测方法和公共文本集。每次互动都与组合的置信度相关综合各种证据的分数。目前,涵盖了来自5090的超过24百万种蛋白质生物。STRING数据库可用于在基因列表中添加含义。STRINGdb R软件包,以方便用户访问STRING中的数据库。在本指南中,以示例说明了该软件包的大多数功能。此外,iGraph包作为代表蛋白质-蛋白质相互作用网络的数据结构。

首先,首先知道所拥有生物的NCBI分类标准标识符(例如,人类使用9606,小鼠使用10090)。如果不知道,可以搜索NCBI分类法(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy)或开始查看。因此,如果物种不是人类,则可以在STRING网页的“有机体”部分(https://string-db.org/cgi/input.pl?input)下找到该物种及其分类学标识符页面有效表格=生物)或在STRING网站的下载部分下载完整列表。
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# if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) 
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