STRING网站分析蛋白质相互作用

最新推荐文章于 2024-10-16 16:42:38 发布
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文章标签： 生物信息学
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STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具，蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。 一般使用string在线数据库分析蛋白质相互作用数据文件，再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。 

https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=bQ2lYDwXJ23e&input_page_show_search=on

1.  导入蛋白列表

不超过2000

2. 网络中每个蛋白的注释

3. 点击continue后生成网络图

分析结果

 
可以下载到Cytoscape美化

 

qq_27390023
关注
蛋白质相互作用
三分钟热度
04-25 453
这些算法用于从蛋白质相互作用网络中识别蛋白质群组或模块。
分享一个蛋白互作网站——String （一）
weixin_46500027的博客
04-03 8348
筛选的差异基因或者想要研究的基因和哪些蛋白有相互作用呢？可以用到很多网站来进行预测，下面我们先讲最火的一个——String database.
如何做蛋白质互作网络图
avareart的博客
04-26 2416
使用String数据库，可以做做蛋白质互作网络图。String数据库（https://string-db.org/）是目前数据量最丰富、应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一。目前，String数据库已更新到Version 11.5版本。收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用，也包括间接的功能相关性。 String数据库使用方法 1、查询特定蛋白的互作信息 A、打开STRING数据库（https://string-d.
STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析
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weixin_43029125的博客
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weixin_46500027的博客
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今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。
STRING实用网站
02-08
STRING实用网站
STRINGdb包进行蛋白质相互作用网络分析
qq_27390023的博客
01-13 3320
，并能进行富集度分析。String蛋白互作网络数据库，不仅包含了直接物理作用的互作关系，还包含了蛋白之间以间接作用的互作关系。除了有实验证据支持的数据外，还有整合其他数据库中的互作数据以及利用生物信息学预测获得的互作数据。STRINGdb包提供STRING蛋白质-蛋白质相互作用数据库的R接口(STRING帮助文档。STRING数据下载。
GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI蛋白互作网络 & Cytoscape个性化绘图【SCI 指日可待】
zzh1464501547的博客
10-30 1万+
通过 前面十篇文章的学习，我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了，相较于原始基因数量，这个列表的数量已经有了明显的缩小，为了进一步确定Hub gene 需要借助两个工具。使用STRING在线数据库进行PPI分析。使用Cytoscape本地客户端进行蛋白互作关系图绘制。
STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介
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庐州月光的博客
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欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个...
基于机器学习的蛋白质相互作用位点预测研究进展.pdf
09-24
在【参考文献】中，作者列举了一些重要的蛋白质相互作用数据库，如DIP（Database of Interacting Proteins）、MINT（Molecular INTeraction database）和STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting ...
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STRING数据库：构建与探索蛋白质相互作用网络
STRING数据库的主要目的是构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络，这对于过滤和评估基因组学数据，以及注释蛋白质的结构、功能和进化具有重要意义。数据库不仅提供已知的相互作用，还预测可能存在的相互作用，为实验...
string使用需要注意的地方。
Nhsoft的专栏
11-10 2357
昨天晚上又碰到debug不挂。release挂的情况。挂在我的log函数里.仔细检查发现代码写成这样了。string fileName="simple.vs";XR_LOG(100,"Loaing XML=%s/n", fileName); 这样的代码在Debug下竟然是好的！！！！顺手改成XR_LOG(100,"Loaing XML=%s/n", fileName.c_str() ) ;一切搞定
转载String分析 （http://www.cnblogs.com/fancydeepin/archive/2013/04/22/min-snail-speak_String.html）
zxk364961978的专栏
10-28 723
String 类在 Java 中代表字符串。Java 程序中的所有字符串字面值（如 "abc" ）都作为此类的实例实现。 1 public static void main(String[] args) { 2 3 String str1 = "abc"; 4 String str2 = new String("cde"); 5 System.out.p
String
常用网址：http://www.w3school.com.cn
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[code="java"] public static String formatMessage(String message, String...params) { if (params == null || params.length == 0) { return message; } StringBuff...
String类型分析！
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JavaScript对象编程（六）一、认识String对象1.什么是String对象2.创建String对象3.JSON与JS对象二、JSON的创建与访问1.创建JSON（两种格式）2.JSON的访问三、JS对象的创建与访问1.创建JS对象2.JS对象的访问与赋值3.遍历JS对象四、JSON与JS对象的转换1.JSON转为JS对象2.JS对象转为JSON五、你不知道的小知识1.统计数组中元素出现的次数2.使用sort对JS对象进行排序六、网页小案例1.题目要求2.源码奉上 补充：文章中所有的代码都是写在ht
String解析
zjyLOVEzyl的专栏
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String到底变了没有？ 没有。因为String被设计成不可变(immutable)类，所以它的所有对象都是不可变对象。请看下列代码： 　　String s = "Hello"; 　　s = s + " world!"; 　　s 所指向的对象是否改变了呢？从本系列第一篇的结论很容易导出这个结论。我们来看看发生了什么事情。在这段代码中，s原先指向一个String对象，内容是 "He
R高级绘图 | 不用 Cytoscape 也能绘制精美的蛋白互作（PPI）网络图啦！| STRING 网站 + R 代码
weixin_43843918的博客
09-19 3286
在进行 PPI 网络图绘制时，我们通常会将 **STRING 网站与 Cytoscape 软件**结合使用。但是经常有小伙伴们苦恼，不太会用 Cytoscape 软件进行处理可咋整呐！
蛋白质-蛋白质相互作用网络分析
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蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）网络分析是生物信息学领域的一个关键研究方向。它涉及到生物体内的复杂系统，其中蛋白质作为执行生命过程的基本分子单元，通过相互作用形成网络。这个...
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