TCGA+GEO数据单基因在线生存分析

于 2024-07-19 12:20:41 发布
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分类专栏： 肿瘤生信分析 文章标签： 大数据
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基因查询常用汇总网（多数据库）_ccds的基因怎么查询是什么意思-CSDN博客

Kaplan-Meier plotter (kmplot.com)

GEO在线分析

以TP53为例

以中位数进行分析的结果（左）；以最佳cutoff分析结果（右）

进行TCGA的泛癌生存分析

相比于gepia2 数据库的分析结果，可以以最佳cutoff值进行分割分析。可以选择泛癌或者单个肿瘤。（也可以使用GEPAI2GEPIA 2 (cancer-pku.cn) ，不能自动分析最佳cutoff值）

数据库：

Kaplan-Meier plotter [Pan-cancer RNAseq, TCGA survival] (kmplot.com)

GEPIA 2 (cancer-pku.cn)

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tcga数据下载_单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题
weixin_39779928的博客
11-19 1910
文章发布于简书博客：柳叶刀与小鼠标（单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题）原因在平常科研工作中，经常有师兄师姐师弟师妹问我：我现在有一个单基因，我该怎么开展生信研究？出现这个问题的原因是：（1）目前生信研究火热也逐渐受到认可（2）许多医学生在开展实验研究的同时，如果结合生信，则自己的结论和工作量更加吸引到编辑和手审稿人（3）现有的geo、TCGA或者其他免费公开数据库确实是很多...
胶质母细胞瘤预后相关基因的数据挖掘分析.pdf
07-14
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生信工具 | TCGA数据分析工具GEPIA最新更新，用于免疫细胞浸润分析
BioInfoNotes
02-28 7031
GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了，包括生存分析，表达差异分析，相...
高分生信必备的TCGA数据库一站式分析神器！你必须了解一下！
leroylee7的博客
11-11 1218
癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）早已在全世界广为知晓，这项计划包含了人类全部癌症的基因组变异图谱，通过数据挖掘能够很好地了解癌症发生和发展的机制，是肿瘤研究中重要的数据库。然而，因为其数据集规模较大，复杂度较高，下载数据进行分析困难较多，很多小伙伴在下载TCGA数据时就因为诸多因素而无从下手。于是，GEPIA等基于TCGA数据库的可视化网络平台给我们带了极大的便利，能够简单快速的预测或分析绘图。今天我又为大家带来一款2020年最新的基于TCGA数据库的网络分析工具.
GEO数据库获取基因表达数据
一只电饭煲的博客
04-01 1万+
GEO数据库获取基因表达数据欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使
单基因分析 —— 在线数据库使用
最新发布
dxs18459111694的博客
06-02 1821
对于单个基因，我们可以分析些什么呢？是癌与正常的差异表达，还是高低表达的生存差异，亦或是与某些特征基因之间的表达相关性呢？不只，我们能做的不仅仅只有这些。下面我们将通过一系列的文章来详细的介绍一下单个基因可以做哪些分析。首先要选择一个兴趣基因，选用哪个基因呢？选一个研究比较多，非常著名的癌症相关基因TP53，这个基因涉及的数据比较多，分析起来比较方便。首先来介绍点简单的，使用数据库检索单基因的信息。
RNA 24. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析的在线小工具——TIMER
weixin_41368414的博客
07-19 1588
基于TCGA的免疫浸润细胞分析在线小工具——TIMER
TCGA_生存分析
weixin_59289660的博客
04-29 7840
library("survival") library("survminer") 生存分析需要三个 vector，在一个dataframe中： 生存时间，以mouths或者days作单位； 结局，"Dead"或者"Alive"，"Alive"是截尾数据，"Dead"是完全数据； 分组信息。 Age_old vs young 一、读入数据 data_cl <- read.csv(file = "Results/测序or临床数据下载/data_cl.csv", header=T, r..
TCGA里面的任意基因做生存分析 批量生存分析 批量生存分析
生信小博士的博客
10-29 5985
在进行下一步之前，我居然突发奇想，我想看一看，这个表达数据里面哪些基因的NA值最多，有没有NA值多过样本数量一般的基因呢？这是来自临床医生的视角，研究疾病，最终希望能够服务临床，临床离不开诊断和治疗，假设一个基因的表达对肿瘤的预后有影响，他很可能就是我的盘中餐。好在，我碰到了嘉因生物的小哈，小丫，她在他们的微信号里写了一系列这方面的帖子，我很受启发，但是技术方面要求很高，我在当时实现不了。这时候把癌和癌旁的数据作差异分析，得到的基因与今天获得的基因取交集，就可以获得又差异表达，又对生存有影响的基因了。
学计算机的怎样分析TCGA数据库,开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！
weixin_32563347的博客
06-21 2217
原标题：开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！ 喜欢我的都关注我了~在肿瘤研究领域，相信没有人不知道The Cancer Genome Atlas (TCGA)。TCGA是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析...
基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义.pdf
07-14
2. 数据挖掘方法：文中提到了一系列数据库，如TIMER、FireBrowse、Oncomine、GEPIA、TCGA、GEO等，这些工具和资源被用来分析HOXC9基因在胃癌及其他肿瘤中的表达模式。数据挖掘是一种通过统计分析、模式识别和数据库...
公共数据库挖掘第一步-GEO数据库下载表达谱数据和生存数据
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庐州月光的博客
04-01 1万+
欢迎关注”生信修炼手册”!在NAD+代谢相关基因的文章中，针对来自GEO数据库的ALS患者的表达谱数据进行了挖掘，本文就以这两批GEO数据为例，来详细展示原始数据的下载过程公共数据库的数据挖掘有多种模式，每种模式需要的原始数据也不尽相同。所以，首先我们要明确目标，对于这个基因建模而言，我们需要以下两种数据1. 基因表达谱2. 患者的生存数据明确目标之后，我们就可以针对的来...
TCGA三个在线可视化网站
weixin_33755649的博客
10-17 1585
1.&gt;c-Bioportal: www.cbioportal.org 整合和简化了包括TCGA，ICGC以及GEO等多个癌症基因组数据库的内容，提供友好可视化的界面，可供下载。 主要展示基因的somatic 突变谱，拷贝数变化，mRNA&amp;miRNA表达量变化，DNA甲基化以及蛋白质表达的情况，并结合患者的临床资料，展示了KM生存曲线。 2.&gt;OncoLnc: www.oncol...
数据库numeric_结合TCGA数据库进行生存分析
weixin_36336710的博客
01-12 3430
一、TCGA数据TCGA (The Cancer Genome Atlas)是由National Cancer Institute(NCI,美国国家癌症研究所)和National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库。...
geo生存分析的简易做法
z2498249的博客
01-26 379
GEO简易生存分析
TCGAplot在线版：输入基因，一键绘制TCGA基因表达与MSI相关性雷达图
微生信
04-15 930
TCGA（The Cancer Genome Atlas）收集了大量癌症样本的数据，涉及33种不同癌症、超过20000个样本，包括外显子组测序、RNA测序、microRNA 测序、拷贝数变异、蛋白质组和甲基化组，临床信息等数据，研究者可以利用各种生物信息学工具和统计方法来挖掘数据中的有用信息，推动癌症研究的进展。
TCGA 数据分析实战 —— 突变及拷贝数分析
dxs18459111694的博客
05-29 2977
在介绍完的查询下载和数据分析功能之后，我们简单展示几个示例，来练练手，加深对这个包的理解和使用我们主要从基因组、转录组和表观组3个维度分别举例来进行说明。
我不想下载TCGA数据，怎么分析？
leo12354的博客
05-12 1027
那就不分析吧，放弃吧。 当然，如果有在线的就好了，省得抄写代码，焦急的等待。 推荐几个省力的地方。（不要问我怎么发现的，就是懒，加上网不是太好，下载不了tcga数据，总要搞点事情） ualcan 简述下来，就一句话，可以分析一些基因，乃至一个参与同一通路的基因集，在不同肿瘤里的表达和预后，并且可以分析这个表达是不是和性别、病程发展相关。使用教程 拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子 需要下载一个软件，TCGA简易下载工具 但是由于我TCGA数据现在下载不了，可能和网络有关，我这个方法测试
geo数据库差异基因分析
04-30
地理信息系统（GIS）数据库可以用于差异基因分析，以帮助确定不同地区之间基因表达的差异。差异基因分析是比较两个或多个样本的基因表达水平，以确定哪些基因在不同样本之间具有显著差异。这可以帮助我们理解基因调控和生物学过程的变化，以及它们如何受到环境和地理因素的影响。 GIS数据库可以帮助我们在不同地理位置采集样本，并将这些样本的基因表达数据与地理位置数据相关联。这可以帮助我们确定这些基因是否与地理位置相关联，并发现在不同地理位置之间具有差异的基因。例如，我们可以比较在不同地区采集的植物样本，以确定哪些基因在不同环境条件下表达水平存在差异。 差异基因分析通常使用统计方法，如t检验和ANOVA，来确定哪些基因具有显著差异。在使用GIS数据库进行差异基因分析时，我们还可以使用空间分析方法，如地理加权回归，来确定基因表达水平与地理位置之间的关系。这可以帮助我们更好地理解基因表达水平如何受到环境和地理因素的影响。
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