geo差异表达分析_GEO专题实践二：如何使用基因表达数据分析工具GEO2R

最新推荐文章于 2023-10-10 17:16:33 发布
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本文介绍了如何使用GEO2R工具分析GEO注册的微阵列数据，通过实例展示了在酒精性肝炎和健康对照间的差异表达基因分析，包括设置比较组、查看表达分布、导出结果和R脚本等步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

点击标题右下方“医知圈”关注本公号

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长沙雅湘基因生物科技有限公司培训部小伍今天和大家瞎聊下GEO,特开设专题，让您从系统上对GEO有个认识。价值2980元的生物信息课程，我们免费不保留发出。可以这么说，通过学习，大家完全可以发表一篇2分左右SCI文章。大家可以加我微信报名：1478115560.

GEO2R

  • NCBI提供的微阵列数据分析工具

  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

  • 基于统计分析软件R.分析

  • 从GEO中注册的数据集中，您可以通过将每个样本数据划分为要比较的组并执行统计分析来获得表达水平差异的基因组列表。

#####【实践2】使用GEO2R分析GEO注册的微阵列数据

  • [评论]如何使用NCBI GEO 5~使用GEO2R~

  1. [练习2] 从[练习1]中搜索的实验数据集GSE28619的屏幕开始。

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  1. 单击页面底部的“使用GEO2R分析”以移至GEO2R页面。

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  1. 显示数据集中包含的样本数据列表。您可以通过单击列标题按每个项目进行排序。可以看出，该数据

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geo数据差异分析_GEO数据分析之差异基因分析
weixin_35544017的博客
01-26 6068
Step2-Differential-Expression-Genes上一篇中做了：GEO数据下载和表达矩阵提取及质控。接下来是差异基因的获得。一、差异分析1、表达矩阵#1、表达矩阵load('GSE63067_exprSet_eSet.Rdata')exprSet #查看内参表达量exprSet['GAPDH',]## GSM1539877 GSM1539878 GSM1539879 GSM15...
geo差异表达分析_不会编程玩转表达差异分析，用GEO2R就可以！
weixin_33844346的博客
01-07 1155
官方认定的不编程差异分析工具。众所周知，如何在浩如烟海的分子中做出取舍，并真正确定分子主变量，是科研启航至关重要的一步。而酸菜老师的筛猜二字决，就是基本敲定一个候选分子的不二法宝。芯片作为高通量数据筛选的最常见技术平台之一可提供成千上万的基因表达量变化。鉴于这上万的基因不一定都参与疾病的发生，因而从芯片数据中找寻候选分子，就要进行差异基因表达分析。《生信体系课-上篇》段位一的知识模块02...
GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析
庐州月光的博客
12-22 6683
欢迎关注”生信修炼手册”!GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之一，为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据，官网提供...
geo数据差异分析_答疑呀嘿丨如何对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析？
weixin_30432831的博客
12-24 3710
又是一周答疑时间到！感谢本周答疑老师-上海其明的杨老师，侯老师和张老师！本周又有一些小伙伴提出了他们的问题，有一些真的对大家比较有参考意义，注意认真阅读哦~Q1－生信分析问：想对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析DEG分析，应该怎么操作呢答：从GEO数据库得到的芯片数据进行DEG分析可以考虑以下几种思路：推荐使用其明的GCBI平台，只需获取芯片的原始CEL文件即可高效快捷地使用该平台进行芯片的...
使用GEO数据库获取感兴趣实验的差异表达基因
qq_35696312的博客
12-19 1万+
GEO是gene expression omnibus的缩写，我们可以在这个数据库中查看别人的芯片实验的结果，因此我们可以根据自己的实验需求去找相关的实验并找到这些实验中有显著差异表达的基因，具体的步骤如下： 进入GEO Profiles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles并输入感兴趣的实验关键词，这里我对疾病子痫感兴趣，因此我输入了子痫preecl...
geo数据差异分析_使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析
weixin_36247891的博客
12-24 6476
前言本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807]作者通过将F...
基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析.pdf
07-14
利用 GEO2R 工具对下载的基因表达数据集进行处理，筛选出在卵巢浆液性癌组织和正常组织间差异表达的基因。差异表达基因通常指在疾病状态下和正常生理状态下基因表达水平发生显著变化的基因。 3. 功能富集分析 对...
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weixin_39639919的博客
12-20 2619
再点击GSE27411，进入以下界面。然后点击Analyze with GEO2R。点击Define groups，这里我们假设分为两组，分别是infected和uninfected。首先我们先输入infected，然后回车。接着再输入uninfected, 回车。完成后显示如下。接下去我们可以看到下方有一个表格，其中前4行是unifected，接下去6行是infected。这里先点击第一行，条带...
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03-19 9765
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geo下载表达矩阵 多因素差异分析 deseq2 duqiang_1分析GEO数据库差异基因（GSE150910）将差异基因与泛素化酶取交集
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09-28 1136
#deseq2 素材准备 包括矩阵和meta信息。2.在geo官网把文件下载下来，然后读取。#表达矩阵样本顺序和meta信息是否一致。
GEO数据库获取基因表达数据
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GEO数据库获取基因表达数据欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使
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近些年来AI、深度学习、神经网络、5G等黑科技深入人心，这或多或少得益于大数据的发展。在医学领域，也有大数据的应用，比如IBM的Watson医生等，GWAS分析，精准医疗，23andMe基因组检测等。自2003年人类基因组计划的完成(斥资30亿美元，平均一个碱基对1美元)，经过近20年的发展，人类全基因组测序低至2000RMB，如果通过芯片进行基因检测，成本更低。 生物学研...
geo差异表达分析_TCGA、GEO、Oncomine数据挖掘（汇总篇附赠源代码）
weixin_39622905的博客
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weixin_39559486的博客
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1-1从GEO数据库下载数据rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)library(GEOquery)gse = "GSE4107"eSet destdir = '.',getGPL = F)1-2提取表达矩阵expexp head(exp)exp = log2(exp+1)dim(exp) #22个样本，54975个探针boxplot(exp) ...
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weixin_55143227的博客
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zzh1464501547的博客
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由于，在数据分析过程，你拿的数据样式可能会有不同，本节我们以结核病基因表达数据（GSE107994）为例，做一个实践案例。该数据集的临床形状数据和基因表达数据是单独分开的，读取，和处理都需自己改动代码。
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01-20 4183
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生物信息学入门 使用 GEO基因芯片数据进行差异表达分析（DEG）——Limma 算法 数据 代码 结果解读
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差异表达分析通常作为根据基因表达矩阵进行生物信息学分析的第一步，有助于我们观察基因在不同样本中的表达差异，从而确定要研究的基因和表型之间的联系。常用的基因表达数据来自基因芯片或高通量测序。虽然矩阵看起来差不多，但是由于服从不同的分布，因此在进行差异表达的时候需要用不同的方法。对于一般的生命科学领域科研人员来说，了解晦涩的算法并没有太大价值。本文力求精简，从数据——算法——结果三个方面...
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GEO数据库详解：基因表达数据的获取与分析指南
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